mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTATGGGACAGAGGGAGTACA TACCCCCTCCATCTCAAAATA GTTACTATAATATACCCCCTCCATCTCAAAATATAAGTGTTTTTTAACACTAGTGTAGTGTCAAAAACGCTCTTATATTATGGGACAGAGGGAGTACATACCATGCT GGGTGATGAGGAATTGTGTAGTGTTTATGTGCCGACAAATCATCTATATATTGGTGATATATTTCTGCTGAACTCTGAAGAGATCATCAGACCAAACTTATCCATTCGAGAAGGAATTGAAATTATCGTTTCTGGAGGAATGACCATGCCACAGGTAATTGCATCGCTAGACCCCATCCCAAGGAAGAGTCAGAGCATCCGCCTAAATAGAATAATGACATGAGGATGGATCGCGAATGAGTGGATGGGACTCCACTGCTGTTCGTTTGTTACGTGTAAAATGTCAAGGTTGGATACGGGAACATGATGAGCAAGCTGGACGGAAGCATCGTATCGATGCCCTGGAATACTGTTATATGGCACATGTTGCTTTTCTCTGTGTTTGCTGACTGGTCCAAAGTGTTAACCTCTATGTACTGCTGGTGTACAACTAGTGTGCCTGATTACATTCATTTGTAAGAATGAGATGTGTAATACCATGTCGATTTTGTTACTATAATATACCCCCTCCATCTCAAAATATAAGTGTTTTTTAACACTAGTGTAGTGTCAAAAACGCTCTTATATTATGGGACAGAGGGAGTACATACCATGCTGACTGGTTTCATAGTGAGCATCTCTTTCTTTC 5 0 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 4e-19 tae-MIR1120 0.000000001 -31.3 .........((.(((.(((((..(((((.(((((((((((((((..((((((...)))))).)))))))))..)))))).)))))..))))).))).))........ (-31.3)