mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTATTTTGGGACGGAGGGAGT TCTCTCCGTCTTAAACTAAGT GATGTGTTGTACTCTCTCCGTCTTAAACTAAGTGTCTCAACTTTGTACTAGCTCTAGTGCAAAGTTGTACTAAGCTTGAGACACTTATTTTGGGACGGAGGGAGTAGTATTTTG GGTCAAGACGACCTGATGGGGGAGGCCGAGATCGACCTGCAGCCCATGACCAATGCGGCAGCATCGTTTGGAGATCCAGAGCTTCGGGCATACAGATCGGCCGGTGGCTCAAGTCCGGTGACAACGCTCTAACCGCCGACAGCGCTGTCATGGTGACCGGAGGCAAGGTGAAGCAGGAGGTTTCCCTGAAGCTGCAGCACACCGAGTCGGGGGTGGTGACGGTGGAGATGGAATGGATGGCTCTAAACATGTAGAGAATCCGGATACGATGGCAAATTTGCCAAGGCCACTGCATACACAATGATGTGTTGTACTCTCTCCGTCTTAAACTAAGTGTCTCAACTTTGTACTAGCTCTAGTGCAAAGTTGTACTAAGCTTGAGACACTTATTTTGGGACGGAGGGAGTAGTATTTTGCTGCAAAGGGCCCGTTGAATCAACTTTTTCTTGGAAAATAACAATAATTTCTGTTATGACATACTGAGTACTAGGCAATAAC 1 0 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 2e-27 far-MIR1122 0.000001 -52.5 .........((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))))))))).((.....)).))))))))))).))))))))))))))))))........ (-52.5)