mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTATATTGGGACGGATGGAGT TCCCTCCGTTCTAAAATAAGT ACTGCTAAATACTCCCTCCGTTCTAAAATAAGTGACACAAATTTAGTACTAAGTTAATACAAATATAACACTAAAAACAACACTTATATTGGGACGGATGGAGTATTATTTAA GTTTTGCTTATTAATTGACTACGAGACATAAAATACAGTAGGACTGCTAAATACTCCCTCCGTTCTAAAATAAGTGACACAAATTTAGTACTAAGTTAATACAAATATAACACTAAAAACAACACTTATATTGGGACGGATGGAGTATTATTTAATATCTTTCCGTTTTTGCCAAAACACCATGGCGTTCTTGTTATCCTGGAGTACACATGATTATTTGTAACTAACTAAGATGAACATGCAACGATGCATTGCATAACATCCCATGACCTGCTCACTTAGTAACTCATAGTACTTGCGAGTACTTCCTGCGACATCAACTTTGGGCGATTGCAGTCTCGATCAACTCCTTCATTTCGCTCTTATGTATTTCCTGCCTCTGTACGAGCGCGGTGTACGTCACCGTCCCGGACGCAACCATGATGTTGGCCGAGATGACGGCGAGCCGAAGGCCCTCGAGCGCGCAGCACACCTTTCCCATGGCACCCTTCCGGTGGCGCCACGCGACGCTCACCACCAGCAGCTTATCGCCAGCGCCCGTCACCCTCACCTCGATAGCCTCGACCGGCGGAGATGCGGCGGCCATGGCGGATGCGGGGGTCACCGCCGACGGGAATGACATGGGGCTCCTTGTCTTCTTCACCGGTGGCATGGCGTGGCCGGCGTTCGGAACGACGGGCTGTACCGTACTAGTAAGCAGGTCG 2 0 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 3e-17 100 -33 .......((((((((.((((((((((.(((((((.......((((((..((.(((......))).))..)))))).....))))))).)))))))))).))))))))...... (-33)