mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCTGTAAACTAATATAAGAA CTTATATTAATTTAAGGAAGG AACTAAGCTTCCTCTGTAAACTAATATAAGAACGTTTAGAACACTAAAGTAATAAGCTAAACGCTCTTATATTAATTTAAGGAAGGAGTACATA TATTAATTGTGCGCACACACGGGAAATGACAGATTGGCATACATGGATGCACGCGAGGATAGTGCACCTAGCTACATACTACTGAAAACAGCTTCCAAGCTTCTTGCTGATCAGCATAGTCTAACTAAGCTTCCTCTGTAAACTAATATAAGAACGTTTAGAACACTAAAGTAATAAGCTAAACGCTCTTATATTAATTTAAGGAAGGAGTACATACTACTGAAAACAGCTTCCAAGCTTCTTGCTGATCAGCATAGTCCACCTAGCTACACACTGAAGATACTCTACCGACCTAGCGTAGTCGAGCTGGGTGCATACTGGAAACGGCTTCGATCTTGCTGATCAATGAGCATCGGGGCCACAAATCTAGCTAACACTTTAGTGGCCTTGTGCTTGCTTATAGAGGAAGGTTGGCATGGGCAGCTCGCTCGGGTCTGGCGACAGGATGAATGTCGGGCCAGCGAAGAATGATGCCTCCGAGGTTGCCTCCATCTTAGCCAAGGGCTTCGGCTTCTGCTCGGACCGGTCTGTCAGAGGCGTCGTCTTCTTCTCCGACCAGTCGACCGACGCCACAGGGCCAGCGATGAGTGATGCCTCCGAG 4 0 5' arm Hordeum_vulgare_subsp._spontaneum mirnest MIR1122 6e-21 tae-MIR1121 0.0000003 -27.3 ......(((((.(((.((((.((((((((((.(((((((.................))))))).)))))))))).)))).))).)))))..... (-27.3)