mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCTGTAAACTAATATAAGAG CTTATATTAGTTTACCGAGGG ATAATTACTCCCTCTGTAAACTAATATAAGAGTGTTTGGACCCAACCGCTCTTATATTAGTTTACCGAGGGAGTACCTT TCTCTTAAGGTCTTATATTTAGGAACGGAGGGAGTACATGCTGAGCGTCTAAGAATGTCACTCCCAAGAACATACACGATTGCAAGCATGATGTAACATTTATAATTACTCCCTCTGTAAACTAATATAAGAGTGTTTGGACCCAACCGCTCTTATATTAGTTTACCGAGGGAGTACCTTACAAGCAGTTCAGTACATAAGACTCACAAGGCGCTAATGGGCAATTAGCTGTCATCACTATTTGATGCAATGGCTTTAGTCTGCAGTCCAGCTTTGCTCCACGACCTCACGTACTTTACGGTTGTATTCCCGCTTGTTCTCGCTGAATAGGCGGGCCGCTTCTGAGTTGGCAGGTGAATTTGGGTTTGGGTCGCAAAGCAGTGACTGAATGGATGTCAATATAGCAGCTACATCATATATCGGGCTCCATTGGTTTTGGAGGATATCTAAACATATGCTTCCATCCGCATAAATGTTGGGATGAAACATCCGAGAAACAAACCGCACTGTAGGTGGCTTATTAGGATAATCTTCAGTAAACTGAAGTGTCAGCTTGAACGTACCACCATCCCAGGGAGTATCATCAGGACCAAAAATTACAGCATTCCACAGCATTATATTGTTATCCTGAGGTGCGCCGCTTATGCCCGCAGGAGGATCCTGCATCAGCCGTTTGAAATCCCTCATCA 1 0 5' arm Hordeum_vulgare_subsp._spontaneum mirnest MIR1122 1e-37 tae-MIR1121 0.0002 -40.1 .....(((((((((.(((((((((((((((((((.(((....))).))))))))))))))))))).))))))))).... (-40.1)