mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTCCGTCCCACAATAAGTAC ATTTATTTTGGGACGGATGGT TTTGAAGTCAATGATTCCCTTTTGTATACTACCTCCGTCCCACAATAAGTACAATCATGAGTTTTCGCGCCCAACTTTAATCGCCCGTCTTATTTAAAATTTTTTATAATTAGCATTTTTGTTGTTATAAGATGATAAAACATGAATAGTACTTTACTCGTGACTTATATCTTTAGTTTTTTTAAAAAAAAATTTAAATAAAACGAATGGTCAAAGTTGGGCGCGGAAAACCATGACTGCATTTATTTTGGGACGGATGGTGTAGGAAAGAGGATGCGAGAATATGGTT GCGAATTTTGAAGTCAATGATTCCCTTTTGTATACTACCTCCGTCCCACAATAAGTACAATCATGAGTTTTCGCGCCCAACTTTAATCGCCCGTCTTATTTAAAATTTTTTATAATTAGCATTTTTGTTGTTATAAGATGATAAAACATGAATAGTACTTTACTCGTGACTTATATCTTTAGTTTTTTTAAAAAAAAATTTAAATAAAACGAATGGTCAAAGTTGGGCGCGGAAAACCATGACTGCATTTATTTTGGGACGGATGGTGTAGGAAAGAGGATGCGAGAATATGGTTAACTAGTAACCGGACAAAATTGCCGAGGTTCATGTCACATCTGGTAAACAAACAAATCACCGGGGTTTTATCGTCAGTTAATTACTAGTAGTATTACTGCTTTCCTTCTTGGATTAGGAAGAAGGCCGAAAAAAACATTTGCCGTGTCCAGCTGTGTGATCTCGAAAGTTGTTGACTATTCCGAGTAGGGATTGCGTCTACAACTGAGGAACCTACGCTTTTGGCTTCTTTGGGTTCGGAGGCATGTCACGTCAACAGATACAGTT 4 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR812 4e-74 osa-MIR812k 1e-39 -91.6 ...........((..((((((((.(((((((..(((((((((.(((((((.((.(((((..(((((((((((((((((.((((..(((.(((((((((.((((((.(((..(((..((((((((((....))))))))))(((((.(((....))).)))))...((......)))))...))).)))))).))))))))).)))..)))).)))))))))))))))))..))))).)).))))))).)))))))))))))))).))))).)))..))........... (-91.6)