mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCCGTAAACTAATATAAGAG TTAATATTAGTTGACAGAGGG TTTTCTACTCCCTCCGTAAACTAATATAAGAGCATTTAGAACACTATTTTAATAATCTAAACGCTTTAATATTAGTTGACAGAGGGAGAATTTC TAAGGTGAGTAGTTTGTTGGTATTTACAGGAGAGCTGTTATCACCAAGNAACTGATTTGTAACCCCTCAATTGGCTAACCGGTTTCTCCTTCTTTTCTACTCCCTCCGTAAACTAATATAAGAGCATTTAGAACACTATTTTAATAATCTAAACGCTTTAATATTAGTTGACAGAGGGAGAATTTCCGGATGCACCGCTGCTGCTGCTTTCTTCTTGTGATGTTGGTGGAAGGCTGAGACGAAGCTGTCCAGGCAAGGAATCCGCAAGGCTCGAAGAAGTAGCTGGGTTGCTTCTATATCCGGAACATTCTCGGTCCGAGGATGCTGTTGTCCCCGGGAAGAGCTGGAGCTCCTGAGGCCGTGATGCAACCTGACCAGAAACAACAGAGTGATGCTGCTGATTCTGCACTGGAGGTAGTGTGTTTGTTGGGGGCACCATGCGCATGGTGCTTACATTAGAAGTATTGCTCCATATATCATGCCGCGTTGGGTGAGTTGCTAAATTAGCAGTGCAGCTGCTCCCTATTGGATGTGACACCCCAAGGCTGCTTAAATTCAGGTTATTTTTTCTGATCCTTGCACCAAGCTCGTTCTGCAGTTCTATTATCTGGGCTTTGAGTGTAGTAT 3 0 5' arm Hordeum_vulgare_subsp._spontaneum mirnest MIR1122 4e-22 tae-MIR1121 0.00000000007 -32.7 .......(((((((.((.(((((((((.(((((.((((((....(((....))).)))))).))))).))))))))).)).)))))))...... (-32.7)