mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTCCGTCCCAAAATAAGTGT AGTTATTTTGGGACAGAGGAA ATACTCTTAGATACTCCCTCCGTCCCAAAATAAGTGTCTTAATTTATACTAGCTTTAATACAAATTTGTATTAAGCTTGAGACAGTTATTTTGGGACAGAGGAAGTACTAAATTACA CGAATCTAGTATACATNCTATTCGGTCCCAATNCGAATCCATACATCCTTCAGTGATCTAGTCTTTCTCATTGCTCACTAGTGGAAATTACACCTTAAAAAAACGTAGTTAGCCCCAAATCCTATCTAGAACATCTCCTAGCTTCCCCACTAGTGGAAATTACATCTTGTAGCTTCCCCACTGGTCCTATCTAGAACATCACTACTAGGGACCGAGAATATACTCTTAGATACTCCCTCCGTCCCAAAATAAGTGTCTTAATTTATACTAGCTTTAATACAAATTTGTATTAAGCTTGAGACAGTTATTTTGGGACAGAGGAAGTACTAAATTACACTACAAAAGACTGCCAGAATATCAAAATGCGTGTTTGTTGTCACACCTTCCTTGCTTGACACAACCCGTCGAGACGATTTTTCTCAGTTCTTTTTCCACTATAGGCATCCAAAATGCCCTCTTTTGCATCTTAGCCAGGTAAATTACCAAACTAGTTGACTCAACGTCTTCTCCCAGAACATTGACTTAATAATACTTTCCAGCAGAAGGTAATATCAGTATTACAATAGCACAAAAGTTGAGAATCTCAGCGCTTGTATACCAGGAACTTAGAACGC 2 0 5' arm Hordeum_vulgare_subsp._spontaneum mirnest MIR1122 8e-27 osa-MIR1862e 0.000001 -42 ......((((.((((.((((.((((((((((((.(((((((.........(((((.((((((....)))))))))))))))))).)))))))))))).)))).))))))))...... (-42)