mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATACTCTCTCCGTCCTAAAAT TTTGAGACCGAGGAGTACCT CGCGTTCACATATACTCTCTCCGTCCTAAAATAAGTGTCTTAATTTTTTATCAGCTTTAATACAAAGTTATATTATGGTTGAGACACTTATTTTGAGACCGAGGAGTACCTTGCTGTCA AGTTTCTATACACACTGGCCTTCGNGNAGTTACAATTTCTATACACATTTTCATGACAAACTTCAGACAAGTTAGCAACCTCTTATTACAAGTCGCTCAAAATCCACACGGNATGCAGGAGACACGGAGACATCGCGTTCACATATACTCTCTCCGTCCTAAAATAAGTGTCTTAATTTTTTATCAGCTTTAATACAAAGTTATATTATGGTTGAGACACTTATTTTGAGACCGAGGAGTACCTTGCTGTCACGCCTCCTAATTCCATATAAGTCAGGCACCACACAAGCCTCAGATCTTGTGGACAAGAAGTTGAGCACCATACTGGGGATGGAGGGTCATCGCCATCATGGGCGCATGAACATAGGACGGCGAGACATCAAACGCAAACCGCTGGAGGACCATTGCAAGCGCCACCTTCGCCTCAACAATCGCGAGATTCTGCCCAACACAGATGGCAGGGCCAATCCCAAAGGGGAAGTATGCACCAAGGTGATGGCTCTTGCCATCTGCAAACCTCGACGGATCA 3 1 5' arm Hordeum_vulgare_subsp._spontaneum mirnest MIR1122 0.000000000000007 100 -36.5 .(((........(((((.(((.(((.(((((((((((((((((((...(((.((((((.....)))))))))....))))))))))))))))))).))).))))))))...)))..... (-36.5)