mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTATTTTGGGACGGAGGGAGT TCCCTCCCGTGCCCAAAATAAGT GTTTATTGTATACTCCCTCCCGTGCCCAAAATAAGTGAGTCACTTATTTTGGGACGGAGGGAGTATTAGATTGT GNAATTCGGCACGAGGGTTTATTGTATACTCCCTCCCGTGCCCAAAATAAGTGAGTCACTTATTTTGGGACGGAGGGAGTATTAGATTGTAAAAAACCTCTAAGTTAGTAAACTAGATCTGTCCAGTTTTAGGAAATTTGTAAATACAGTGTGCCTTGGTAAAAAAACACACTTCTTTAAAAAACTGGAAATCATATTCTTATCACCAATCTTTTTTCATTTATATTCATATATTNNTCTGCATATCTTACTTGCTCTCTCAGCTACAGGGTTATTCATGTTTCTTCTACTCGCGTTTGTTTCTGACGGCAACAGAGGCAAAGGAACATACATACTCAGGGTAGTCCCGACTGATGCTTTTCATGCAGATAAAACAGTACGGATAGCTGACCAGAAGTGAACATGGAACCTCTTGAATTATTGCGGAAAGGTGTGATTTGGGAGAATATATGTTGATCAGAATAGGTTTTGTGAACGTCTGTAGGTCATGCACGTATGCAGAGAATTGATTC 0 2 3' arm Hordeum_vulgare_subsp._spontaneum mirnest MIR1122 0.000000001 osa-MIR1862e 0.000003 -35.7 ....(((..(((((((((((.((.(((((((((((((...))))))))))))))))))))))))))..)))... (-35.7)