mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATCATCATCATCATCGTTG ACTTGATGATAATGATGACA GAACCCAACCCAACTTGATGATAATGATGACAATATACAGACCCCCCCATGCCTAGTGTGGTGTAGGCAGCGTTCCCGGTGCCACGGAACCGGTGTGCAAAGAATGAATGGTTGCAACTTGAGACCATGTGTGTACAACCTGCCTTCCTTCCTTGTNTGCAACATAACAATGTCTCTCTATACTCGCTCAAATCATCATCATCATCATCGTTGGGTGGTTTT GATAATNCTCCGACAAAATGACAAAACATCCGATATACAACAACATATGACTGACCATGTTCCACACCGACAAGCGGAAAAAAAAAAGGCGACGATAGGGCCCACGGAGGAAAGTAACAAGAGGAAGAAAAACTCTAGGGCCCTCCTACTTTTGCCCTTGAATTTGAACCCAACCCAACTTGATGATAATGATGACAATATACAGACCCCCCCATGCCTAGTGTGGTGTAGGCAGCGTTCCCGGTGCCACGGAACCGGTGTGCAAAGAATGAATGGTTGCAACTTGAGACCATGTGTGTACAACCTGCCTTCCTTCCTTGTNTGCAACATAACAATGTCTCTCTATACTCGCTCAAATCATCATCATCATCATCGTTGGGTGGTTTTCTTCTTCGGCCCGAGCCGGNCCCGCGGGAGCCCCAGGATG 2 1 3' arm Hordeum_vulgare_subsp._spontaneum mirnest 100 100 -57.4 (((((..(((((((.(((((((.(((((((...((((.((((.....(((.....))).((...((((((.((..(((((........)))))((((((........((((((.((...)).))))))...)))))))))))))).))....((((.((...))..)))).))))...))))..........))))))).)))))))..)))))))))))). (-57.4)