mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTGGATTGAAGGGAGCTCCT GGAGCTCCTTTCGGTTCAAACT TCTTTCTTTGGTGTTTTTTACATGGAGCTCCTTTCGGTTCAAACTAAGGGAAGGAGTGAAAGGTACTGACACGGCTGCTGGTTCATGGATTCCTCTGAGCTGCGCAGGATAAGTCACGCTGGTGCGCAGCTTAAGGGTTTGCATGACTCAGGAGACGTGTTTGCCTTCTCCATTAAACCTTACTTGGATTGAAGGGAGCTCCTGTAATACCATTCTTACCCCT ACGGCCGGGGGAGCTCTAGCCTCTCCATCTCTCTCTACTCGTTTATTTTGAATATTCATTGAAAAGACTCAAGCCTCTCTTTCTTTGGTGTTTTTTACATGGAGCTCCTTTCGGTTCAAACTAAGGGAAGGAGTGAAAGGTACTGACACGGCTGCTGGTTCATGGATTCCTCTGAGCTGCGCAGGATAAGTCACGCTGGTGCGCAGCTTAAGGGTTTGCATGACTCAGGAGACGTGTTTGCCTTCTCCATTAAACCTTACTTGGATTGAAGGGAGCTCCTGTAATACCATTCTTACCCCTATCTTTCTCATCTTTATACTATTTATGTTGATATTTTTCTCTTCAGTAATACCTAACTATTCTTGATGTTTTTCTTTTCTGTGTTTGTGGTTTTGTTTTGTTAATCTTTTGCAGGGTTGCCAAAATGGGTGTTCTGATGAGATCCAGCAACTGCAAGTACTGCTCTTTCGGTCCTGTATTATTTGGTTTTTCTTGAATAAAGTATTTTG 1 1 3' arm Humulus_lupulus mirnest MIR159 6.0E-14 ptc-MIR159d 3.0E-6 -87.9 ........((((((....((((.(((((((((((((((((((..(((((.((((((...((((((..((((((.((.((((.(((((....(((.(((((((((((.....(((...)))..))))))))))).)))....))))).)))).)).)))))))))))))))).))...))))).)))))))))))))))))))))))))))))........... (-87.9)