mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTCTTCCTCTTCCTCTTCCG GGTCAGGAAGAAGAAGAAGTA CCTCAAGCTCTCCTCTTCCTCTTCCTCTTCCGTTGCCACCCCTTTTCTCCATGGCTCCACTCCCCTCTCTCTCCTCTCAAAACCCTCTTCCGCTCTCACCAGTCCAACTCTGGCGCCGCCCTCTTTCCTTCCCCCAATCCGGGCCATGAGATCAATGCGGGGACGCGTCGTTTGCTCCACCAACGATAAGACCGTGGCCGTGGAGGTGGTGCGTTTAGCTCCTCATCCCAAGTACAAGAGGCGGGTCAGGAAGAAGAAGAAGTACCAGGCAC TTACGGCCGGGGNNAACTAAAGAAGAGATGTCTATCACAGGCTCACTTCTCCAGCTCCCTCCATTGCACTCCCTCAAGCTCTCCTCTTCCTCTTCCTCTTCCGTTGCCACCCCTTTTCTCCATGGCTCCACTCCCCTCTCTCTCCTCTCAAAACCCTCTTCCGCTCTCACCAGTCCAACTCTGGCGCCGCCCTCTTTCCTTCCCCCAATCCGGGCCATGAGATCAATGCGGGGACGCGTCGTTTGCTCCACCAACGATAAGACCGTGGCCGTGGAGGTGGTGCGTTTAGCTCCTCATCCCAAGTACAAGAGGCGGGTCAGGAAGAAGAAGAAGTACCAGGCACATGACCCAGATAACCAGTTCAAGGTTGGGGACATTGTTCAGCTGGAGAAGAGCAGACCTATTAGCAAGACCAAGACCTTCGTCGCTGTCGCTGTTCCCGAAAGAAATTCGTCGAAGAAAAGTGGTGAAGAAGCTCAATCGCCCCAAGAGCTTGGAATTCCCTTGGAGTCTCAGCAACAACCGGTTTAGGCCTTAGAGTGAGGGTTTATAATTCAGAATTGGTTTGTGAATTTGACTGCTTTGTTTTTACTTGTTATGATAATGTTTCAAATTTTAGTGTACTTTGAATGCCCTTGTTGAATTGATAACTCTAGTCTCTTATAAATTTGAGCTGTTTTTCTCTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAANCNTGT 5 0 5' arm Humulus_lupulus mirnest 100 100 -60.2 .............(((((.(((((((..((((..((((((.......(((((((((.........................((..((((.(((((((..((......(((((((.(((.....................))))))).))).....))..)))).)))(((((.........))))).))))..)))))))))))))))))((.....)).((((.............))))))))..))))))).))))).((.....)).. (-60.2)