mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATCATCATCATCATCTTTC ACATTGATGTGATGATGAAG TGGATGAATCTTCATCATCATCATCATCTTTCTCATTGCGCCAACAATAATCCTTCTGATTATTGGACCCTTCAAGTTTAATTCTTCGACCAAANACCCACCACCTTTCTCTCTCTGCAGGAAATTCTTGAGGAGTGTCACAGATTCAGAGGCGGGGATTCTTGGGAAAATCTTGTTTTATTGGAGAGAAGTGAAGAATTTGGAGGCTGAGAAGCTGAGGAAATGGATAGTAAGCAGATTGAGAATGGATTACTATGAAGCTTCCCTTTGTACAACTTCTTTGGTCACTACTTTTGGGCGCCCTTCAGCATTTCGATTCAGGGATTGTTATGAGTACATTGATGTGATGATGAAGAGTGATAG CAGATTAAGATATACATTTATCTCAGATGGTCAGAAACTTCATAGAATTGGATGAATCTTCATCATCATCATCATCTTTCTCATTGCGCCAACAATAATCCTTCTGATTATTGGACCCTTCAAGTTTAATTCTTCGACCAAANACCCACCACCTTTCTCTCTCTGCAGGAAATTCTTGAGGAGTGTCACAGATTCAGAGGCGGGGATTCTTGGGAAAATCTTGTTTTATTGGAGAGAAGTGAAGAATTTGGAGGCTGAGAAGCTGAGGAAATGGATAGTAAGCAGATTGAGAATGGATTACTATGAAGCTTCCCTTTGTACAACTTCTTTGGTCACTACTTTTGGGCGCCCTTCAGCATTTCGATTCAGGGATTGTTATGAGTACATTGATGTGATGATGAAGAGTGATAGCAAATAATGGGGGTGAGAGTTTGAGGCTAATAGTGGGCACAGATTTCAGGTCACAATTTGA 5 1 5' arm Ipomoea_batatas mirnest 100 100 -88.3 ........((((((((((((.(((((.....(((((.((.((..((((((((.....))))))))...(((((((((((....((((..((((...((((...(((.(((((.((((...((.(((((...))))).)).))))...))))).)))......))))(((((...))))).))))...))))....))))))))))).(((((.(((((((......(((((((.((.........))..)))))))...((..(((...(((..(((.....)))...)))....))).)).))))))).)))))......))...)).))))).....)))))))))))))))))....... (-88.3)