mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATCATGTGGCAGTTTCACCT TTGAAGCTGCCAGCATGATCTG GTACCTCTAGTAGTTGAAGCTGCCAGCATGATCTGAGCTTTCCTTAATACTCATCAATCCTACCCTATCCAGAGAGGAGGGATTATATCATGTGGCAGTTTCACCTGTTAATGCTA GCCATTACGGCCTACTTACGGAGGACTGTCCCCATGATAATCTCATCGTGTACCTCTAGTAGTTGAAGCTGCCAGCATGATCTGAGCTTTCCTTAATACTCATCAATCCTACCCTATCCAGAGAGGAGGGATTATATCATGTGGCAGTTTCACCTGTTAATGCTAGCATGAAAATAAGAACCCTAATCGGGATAAACCATAATTTCCTGATTCTATCCAATTTTGTCAACCCATTACAGATTAATCATGGAAAAACTCTACACGATGAGCTATACTATTGTTTATATTGATTAATTGCTATTTTGTTTTCTTTCTTTTATTTCTTTTCTC 2 1 3' arm Jatropha_curcas mirnest MIR167_1 1.0E-13 ptc-MIR167e 6.0E-15 -33.7 .......((((((.(((((((((((.((((((.(((.((((((((............................)))))))).))).))))))))))))))))).))))))...... (-33.7)