mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTCCCTACTCCGCCCATGC ATGGGCGGGTGGGGAAGATA GATGGTGGAAGAATCTGGGAGAGGGGGTTTTGGATATTCGGAAGGCTTTGGCATGGGCGGGTGGGGAAGATAACTTTTATTAATTTGTGTCTTCCCTACTCCGCCCATGCCATAGGTTTCCGATTGTTCCTCCCTCTCACTCTTGCTTTCTCTGCCCTA AGAAGTGGCAGCCGCCTGGGGGTCTGTGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATGGTGGAAGAATCTGGGAGAGGGGGTTTTGGATATTCGGAAGGCTTTGGCATGGGCGGGTGGGGAAGATAACTTTTATTAATTTGTGTCTTCCCTACTCCGCCCATGCCATAGGTTTCCGATTGTTCCTCCCTCTCACTCTTGCTTTCTCTGCCCTAACCCTCCATCTCCGTCTGTGATTCTGTGCGCTTCATGTGACTAGGTAATTTCATTATCTGTCTAAAATCTTCTAACATCAATTTGTTAAATGATCGCGTAGATTTGGTTATTTCCTATTTGAGTTTTTCCTTTACGACAGACTCCTTCGATCATAGCTACAGCTCTACTGATGAATAATAATTTGACGCGGAATAATGATGGAGAAAAAGGATTTGCTTCAATAATTAACGAATGCTTGTTGTGCTATGCTTGTATATATGCTCTGGAATTGTCAAAATAAATAATGATGCGCAAGTTGTTTGAGCTATCACAATACTGTTGGCTTTACAATAGCAGCAGCTTCACGGATTTTATTTTTATTTTTATTTTTTGAAGTCCCGAATCGTATGGAATAGCAAGGTGGGTCTGGCACTGTTGATTCTGGCTCCGACTGTTTTCCTGATTCCTATAATAATAGGGACTGTTTGTGTGTTGTGAGGCCCATGGCAAGTGAATCCGAGGTCCTGTGTAACTGTTGACAGATTCCTTCCAGATCCAGGTCAAGATGTGCATATGATGATATTTGACATATCCCAAGAAAAGCAACACCTAACAAAATGGC 0 1 3' arm Juglans_hindsii_x_Juglans_regia mirnest 100 100 -78.7 ...((((((.(((...(((.(((((((....(((...(((((((.((.((((((((((((((((((((((((...............)))))))))))).)))))))))))).)).)))))))....))).))))))).))).....)))))))))... (-78.7)