mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AACCTGGCTCTGATACCATTT GTGGTATCAGGGCCAGCTTTC TAAACCTAATAAGTGGTATCAGGGCCAGCTTTCGATGCTCAGCCCTTAAGGAACAGGTCTGAGAATTAAAACCTGGCTCTGATACCATTTGTGTTAATT AAACACACACTATACTACAAAGGATATACATGGCTCTCAGAATGTGGGCTTCTTCCACGGCCAATGCATTCAGATTCTCTTATGCCTCCAAATCCCATCTCTCCCCTGCGTTCTCTCTCTCCCGCTGCTTCTCTACCGTGTTGGATGGTTTGAAGTATGCATCCTCGCATGAGTGGGTGAAGCATGAAGGCGCTGTGGCTACAATCGGCATCACCGACCATGCTCAGGTTTTTCTTCTTCTCCCCAATATGCTGTATGATATTATTAAAATTTATGTCCCACATTGCTTACGAGAGGAAACTTTTTGGCCTTTATAAAGATTAAGAAAGAGCGTTGATGGTAAATTCAGCTAGTCTTTTGGAGAATAAACCTAATAAGTGGTATCAGGGCCAGCTTTCGATGCTCAGCCCTTAAGGAACAGGTCTGAGAATTAAAACCTGGCTCTGATACCATTTGTGTTAATTTAGGACTTTGGACTACTTTTTTCTTTTTTATTTGCTGATTTTTTGTAGCCAAAAATGATTCTAGTTGTCATGATTATTGGTAAATGATAGAAATAGGCTAATCATACTCATAAAAGAAAAATAAAAATGGTGCTTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATGT 1 0 3' arm Juglans_hindsii_x_Juglans_regia mirnest 100 rgl-MIR5139 0.0003 -41.1 ........((((((((((((((((((((.(((.(((.(((((.(((........))).))))).))).))).))))))))))))))))))))....... (-41.1)