mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAAAGCTCTGATACCATGTTG ATGTTTTATAAGGCTTTTGA GAAGTCTCAATATATGCTAGTTAAACCTGTAGAAATATGATAAAAGCTCTGATACCATGTTGAAAACAATGTTTTATAAGGCTTTTGATTTTTCTTTAGTTTCCTGGCAAACTGTGAAGACAGTTA GCTAAGCCTCAGTACACAAACAAGCTTTCCGCATTACCAGCCTGCTCACTTGCATAGTTTTTCTGAAAAGCCTTTAGCTTTCAACTGGATTTCATTTCACCCTCAGCTACATTGCAACTTATTTTTCTGCTCTTCATATAGCAGTTGTTCCAATCTTCTGCTTCTTTTTGTCAAAGCATACGAACCTGATTCAAATGGATAGGGTAAAAGATTTGGCATCAAAGAAGGCTGCTGTGATATTCACCAAGAGCTCATGTTGCATGTGCCACAGCATCAAACAACTCTTCTATGAGCTTGGTGCCAGCCCTGCAATTCATGAGCTTGACCAAGTTAGCAATGGGAAGGAAATGGAGTATGCTCTACGAGGGCTAGGATGTAATCCCTCAGTCCCAGCTGTGTTCATAGGAGGAAAGTATGTAGGCTCAGCAAAAGACATCATATCCCTCCATGTTGATGGGTCTCTCAAACAAATGCTCATAGATGCCAAGGCCATCTGGTTCTAGTAATAGCAAAAGAAGTCTCAATATATGCTAGTTAAACCTGTAGAAATATGATAAAAGCTCTGATACCATGTTGAAAACAATGTTTTATAAGGCTTTTGATTTTTCTTTAGTTTCCTGGCAAACTGTGAAGACAGTTATACGCTACATGGGAATAGCCTTCAGACATCTGTTCTTCAAAACCTTGACAATGGATTTGAGTTTTATTGATAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATGT 3 1 5' arm Juglans_hindsii_x_Juglans_regia mirnest 100 gma-MIR1527 0.0004 -25.9 ((....))......((((((..((((.((.(((((.((..(((((((.((.(((..((((((....))))))..))).))))))))))).))))).)))))).))))))((((((....)))))). (-25.9)