mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATCATCATCATCAACTTCC AAGTGTTGGTGATGGTAATG TATGCCCAACCGGTTCATCCATCATCATCATCATCAACTTCCAGTGCAAGTGTTGGTGATGGTAATGGTGGGACCTACAACAATC GAATTTCCAACAACTGCATATCATGATCTTCTTGGACAACATGCGATCTTTACTGAACATGCGGCTGTATCATCTGCAACTCATCTGTGTCCATACATTGCATATGCCCAACCGGTTCATCCATCATCATCATCATCAACTTCCAGTGCAAGTGTTGGTGATGGTAATGGTGGGACCTACAACAATCAATGGAACAGCCAATCAGCATCAAGTGAGATGCCAAATTCTTATGGTTTGCCCACCATGGATGTCCGCTATCACACCACCCTCTTTCCAACTTCAACCACCCGTGCTGACCAACCCTCCATGTCATCTGTTATGCCAAGAAGGCCAGTTAGGAGTAATGCTGACATGGCCAGATCTGGAGGGTCTTATGTCCATCCATTTCTTCTCGGCCAAAGTTCTGGTGGTAGAGCTCCGAGTGCGGTCGGGTCATCAATGATTCATCCGTATCCGGGCAGCGCTGCCCGGGCTCGTGAGCGGTCCCAGGCGCTTCAAGCCTATTTTCAGCAACCCAGCAATCTACCCGGCTTACGCACACCGATCGTCTCCAGTTCCCGGAGATCCAACAATCCACCACAAGTTGGCGGTCCGGCAGGTTCGTCCTCCGACCAGCTCCGTGGCGGCGGCGGCGTCTATTTCCTCCCGACTTCCGGTGGTGGTGGTGGTGGTTCGTCAAATGGTAGAGCCTTTCAAGAAGCAGAAAGCTCAATGCCGCCTAATCCATTCCATCATGGATGGGAACGGGACCCACATGCGGGGTGGGGGTTTCATCANGCANGCGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGTTTTCCGGCAGAGGCATGGGTCAGATAGGACTCAGGGACAAGGGCATTATCGGTCGTAATTTATATGTTGNGTTTTTTTTAATGATGATGAGAATGAAGTGAAGTGAAATGAAATGAAAACTTTGTTTGGTGTCTGTCTTGTTTTACCAACTGTAAGAAAAATGAATGATGATGGATT 5 1 5' arm Lactuca_perennis mirnest 100 100 -26.4 ...........(((((..((((.((((((((((...((((.......))))..)))))))))).))))..))))).......... (-26.4)