mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAGAAGCAGGGTACGTGCA CATGTACCCGTCTTCACCATC AATACGAGGTTTATAAGGTAGGCGCACAAGATGGAGAAGCAGGGTACGTGCATTACTAACTCACATGGAAATTAAAACCAGCACTTGGATATTTTTTGACCTTATTAAAACTGCTGGGCCTTTGATAAACTGTTACTCAACATCTTTAATTTGTAATGTAAATTTGGTCTTTGGAACCCTAACCATAGCTGTGAGTTTATGTTTGATAAGAAAGGTAGTGTACTAGTGTGTTTAGAAGTCGAAGCCATATGCGACTAAACACACCGGGTACACACATTTGTTCTCTTTGATAAACTTGTGCAAAGGGCGTTTGGGTGTCATAACTAAAGCATGTGTATGTACGTTCGATTTAAAAGACCTTTCGTAGTTTCATCAGAACGTGCGTACATTGAAAACACTTTTTGTAGTGTAATTGAAGGTAAATGAAAATTTGTAACGATTGAATATCCTCTTCCAAAAGTCTCTGATCCGCCATTGAATGAGTTGGTGATTCATGTACCCGTCTTCACCATCTTGACCACCTAAACCTTAATGTTGAAGA GGTAAATCGGTTCTCATATATAAAAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTACAGAATTAACTTATGGAAGAAATAGTACCTGTTGCAGAGTTCGAATACGAGGTTTATAAGGTAGGCGCACAAGATGGAGAAGCAGGGTACGTGCATTACTAACTCACATGGAAATTAAAACCAGCACTTGGATATTTTTTGACCTTATTAAAACTGCTGGGCCTTTGATAAACTGTTACTCAACATCTTTAATTTGTAATGTAAATTTGGTCTTTGGAACCCTAACCATAGCTGTGAGTTTATGTTTGATAAGAAAGGTAGTGTACTAGTGTGTTTAGAAGTCGAAGCCATATGCGACTAAACACACCGGGTACACACATTTGTTCTCTTTGATAAACTTGTGCAAAGGGCGTTTGGGTGTCATAACTAAAGCATGTGTATGTACGTTCGATTTAAAAGACCTTTCGTAGTTTCATCAGAACGTGCGTACATTGAAAACACTTTTTGTAGTGTAATTGAAGGTAAATGAAAATTTGTAACGATTGAATATCCTCTTCCAAAAGTCTCTGATCCGCCATTGAATGAGTTGGTGATTCATGTACCCGTCTTCACCATCTTGACCACCTAAACCTTAATGTTGAAGATGGTTAAGTTCGAACTTAATTTGCTGCCACGAAAGAGCTATCANGTATGGTTCTTCCAATCCAGAACCTAAAGTATTTTAGCATTTCATTCATTTCATAATATTGATCTGGGGCATC 4 0 5' arm Lactuca_perennis mirnest MIR164 0.0000000006 ptc-MIR164e 0.00000000003 -141.3 .....(((((((...((((.((....((((((((.((((..(((((((((.((((((((((((..((((.((((((.((((((.((.((((...........))))..)).))))))...)))))).((.((((((.....((((((((((....((((...((((((...(((.((((...((...((..(((((((((....((.((.(((.((.(((((((.((((((((...(((((..........)))))))))))))..))))))))).))).)).))....))))))))).))...))......)))).)))..))))))))))(((((((((((((((((..(((..((.....))..))).))).)))))))))))))).....(((((......)))))))))))))))((((....)))))))))).))((......)).))))....((..((......))..)).)))))))))))).)))))))))..)))).)))))))).)))))))))))))........... (-141.3)