mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTCTCAGGTCACCCCT GAGTGACACTAAGAACCATA CAACAACAAGCGCATAACTCCATAGGAGTGACACTAAGAACCATATGGTTGAATTGCTATCTCCAGCGTATATTCATATGTTGTGAGCACAAATTTTTGATGCACATACAGTTGTTTGTCAGACCTTGTCCACCATCCATTTGTGTTCTCAGGTCACCCCTTTGGAGCACCCTGTTTCCCCTTTTCATTCA CAACAACAAGCGCATAACTCCATAGGAGTGACACTAAGAACCATATGGTTGAATTGCTATCTCCAGCGTATATTCATATGTTGTGAGCACAAATTTTTGATGCACATACAGTTGTTTGTCAGACCTTGTCCACCATCCATTTGTGTTCTCAGGTCACCCCTTTGGAGCACCCTGTTTCCCCTTTTCATTCATAATGCACAAGTACAAGATGCACGAACGCTATGTGGACTGCATATGTTGGATGTACCACAGGATAGGTGCTCATCACGGGTAAATTTATCATCATCCTCTTCACTTTCTAGTTTCTATGTTATTGTGTTCTCTTTTCTCTTTTTCTTTTTTCTAAATTCTAATGATGTTGAATTCACAATAGATTTGATAAATTCAAGATTTTTAATCATGATATTTCTTACTACTATAAAAACATAAAAAGCGTATATATGTATTGAAATGGTCATAGCCTTTCGGTGGAAACAAAGAGCCCAAGGGTGAAGGGTGAAAGACCCAAGCATTACGATGGAGCCATTTTCACCCTAATCGCATGAGAGTGCTCTAATCCCACTCTAACTTCTCTTCTTAAATATAGCTTTAGAGTCTCATTAAAGGACCCACACGATTTTTGGTGAACTTGACAACAAGAAACCTCTTTCGACCCCCTATAACGCATCAAGAACGTCATCAAAGGTTAGGATCAACACCAACAACCCATCACCAACATTCCATCATCATCCACACGAGTCTACCACAACCATGAAGATTTCGACCCGGATGTTTTTCAAAGAGATGGCAGACTAAATTATTTAATATTACTTTAGTTAGGATTATATGATGTTAGGATGACCATATTTTGATTA 2 2 3' arm Lactuca_perennis mirnest MIR398 0.0000002 vvi-MIR398a 0.00000001 -43.6 .......(((((.....(((((.(((.(((((.((.(((((((.(((((.((..((((.....((((((((....))))))))..))))(((...(((((((.(((......))).)))))))..))))).))))).....)).))))).))))))).))).))))).....))))).............. (-43.6)