mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATCATCATCATCATCATCA ATGGTGGTGGTGGTGGTGGTG TAGTTCCACTTCAATTGGCATGCGAATACAATATTCAAAGAACCCGTTTGGGAAACGGAAGGATGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGGTACCCAGTGTCGAATGGATCACTGGCGGTTGTTAGTTACCAATAGCTGGAAGGGGATGTACTCTGTTTTTTCTCTATGGTTTGACAAAAAGAACATACTATTACTCATAGGATGCATAATGGTGGTGGGCATGCATCCATTTCATCATCATCATCATCATCATCAAGTCATGATCATGCTCATGATCATGCTCATGAACAATGCATTAGCATATATCACTT CTCTGTTTTTGGAATCTTGGAGAGAACATAAACGAAGAAGAACTAAGAGGACTTTTCAGTGTGCAACCTGGGTTTTAAGCAAATGAAGGTTTTGAGACAAGAAAGGCACACTGTTTGCTTTATTGAGTTTGAGGATGTGAATAGTGCAACAAACGTGCATCATATGTTGCAGGGGGCCGTTATCCCTAGTTCCACTTCAATTGGCATGCGAATACAATATTCAAAGAACCCGTTTGGGAAACGGAAGGATGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGGTACCCAGTGTCGAATGGATCACTGGCGGTTGTTAGTTACCAATAGCTGGAAGGGGATGTACTCTGTTTTTTCTCTATGGTTTGACAAAAAGAACATACTATTACTCATAGGATGCATAATGGTGGTGGGCATGCATCCATTTCATCATCATCATCATCATCATCAAGTCATGATCATGCTCATGATCATGCTCATGAACAATGCATTAGCATATATCACTTGCATGTAATTGTAGAGGGTTAGGGTTTGTTGTAGTGTATGAGTAGTATCTGAGACATGCATTTTAAGCATCGTGTTGACTTATATGTTATAGATTGTGGGTGCATCGGTTTGTTGTTAG 1 0 3' arm Lactuca_perennis mirnest 100 100 -83 ..((.(((.......))).))..(((((...))))).......((((((...))))))...((((((((((((((((((((((((((.((((((((.....)).))))))((((((((.......))))))))..((((((...((...))...))))))(((((.((..........)).)))))))))))..((((((((.............))))))))...)))))))))))))))))))).(((((.(((((((((....)))))))))))..)))...((((....))))......... (-83)