mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTTTTTATGTTTTTTTGT ATTGTAATGTAAGGTTGAATG TTTAAATTTCATATTGTAATGTAAGGTTGAATGAGAGCCTAATGTTCGGATTTTGTTTGTTTTTATGTTTTTTTGTGGTAATTAA CCAGTGGATCCAATGCAACGTCAAGCTCTTACTGATAGACTAAACAACCATGGGGGATTCATGCCATTACCACCACCAACAACCGCCAGAACATCAGAGACCTCCGCCTTCAAATCTTCTACTCGTTCTTCCTATCTTCAAAATGGTAATGCTAACACCTCTCAATCTGGTGGAACCATGGCTTCCCCTTCAAAGTCACTCGTCTACAAAGTTATGGATTTGATGTTTGGGTTGTAGTCATGGAAATGGTAAATCATGGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTATTTTATTTTAAATTTCATATTGTAATGTAAGGTTGAATGAGAGCCTAATGTTCGGATTTTGTTTGTTTTTATGTTTTTTTGTGGTAATTAAAGATTCAAAATTGATTGATGGTTTATGATGTGGACTTTGTATCTTGTTTATAACGTGTTTTGGAATGAAAATGACTGTGATNNA 5 0 3' arm Lactuca_saligna mirnest 100 100 -13.7 ....(((((((((....(((((((((.(((((((((.((........)).))))))))).)))))))))....))))).)))).. (-13.7)