mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGGGTGAAGGGAGCTCCTC GGAGCTCTCTATCGCCTCAACC ATATTTATGGTTGGAGCTCTCTATCGCCTCAACCCTGAAAGGAAATCGATCATGGTGGTTCATGGCTGCTCTTTCATGAATGCCTGTAGGTGCACCAATGGTGTTGTAGTGTGCATTCTAAGGTTAGCATGAAGGTGGAGCTGTGGTTCGATCATCCTTTTGGGATTGGGGTGAAGGGAGCTCCTCCCATGATCA GCGGGGATAACAAAGTAAGAAATCAAAGGGAGATTTAGGGTGGATATTTATGGTTGGAGCTCTCTATCGCCTCAACCCTGAAAGGAAATCGATCATGGTGGTTCATGGCTGCTCTTTCATGAATGCCTGTAGGTGCACCAATGGTGTTGTAGTGTGCATTCTAAGGTTAGCATGAAGGTGGAGCTGTGGTTCGATCATCCTTTTGGGATTGGGGTGAAGGGAGCTCCTCCCATGATCAGTGTCTTTTAACTATATTTTGATATATATGTTATCTTTTTAGTTGTGATCATTTTAAACACCCATCTCTTTATTAGGCTATATATTTTCTATTTACTGATGGGGTATATTATATATTAGTGACGATTTTTTGAATATAAAAATAAGTATATTTATTGCAGATATTTTATTTCATGGAATCCTGGGCTCAATGAGATCGATTATGATGATTTATTGCAAAAGATGAATGCAGTTCACAATCGGCACAAGAAGGACGACAGAGATATATGCATATGCAACTTCCTATGTAGCCTCTTCAATGGCATTAGTAACGCTGAATTGTTACTAATGTGGAGTCTATTAACATTAATTAAAACATCTAAATATGAAATTGAATCCGCTAGCTAGCAATCAACGAAGAAGCTCGTTGAATGGTGGCGTATTATTTGACAATTTTAATTAGCTTATAAAGATATATTACATAAATCGAAGACTTCGAAAAAATATAAATCCCGAATCTGACACAAGTTTTAATATATNGGTGTAACATGTAATACGACGAGCAATCAAATTTGTATAAACTAAAATGCTATATAAGCTTGTAGGTCTCTTTGGGTTCA 2 1 3' arm Lactuca_saligna mirnest 100 ptc-MIR159e 0.0006 -80.1 ....((((((..((((((((((.(((((((((.((((((((((.(((((..........((((((((.((((((((((...((((...(((((((((((...))))....)))))))...))))...)))))))).)))))))))).)))))..)))))))))).)))))))))))))))))))..))))))... (-80.1)