mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTGTTCTCAGGTCGCCCCTGC AGGTGCGATATGAGAACACAT CAAATGGTAGAGGCATCCAACAGGTGCGATATGAGAACACATGTTAAATGTGCAACAAATCACATTCCGCCACGTGTTCTCAGGTCGCCCCTGCAGGGTTTTTCTCTGCTCG CCAAATAAAACAAACAAATGGTAGAGGCATCCAACAGGTGCGATATGAGAACACATGTTAAATGTGCAACAAATCACATTCCGCCACGTGTTCTCAGGTCGCCCCTGCAGGGTTTTTCTCTGCTCGGATTCAGACTGGCTTCTGTTCAAATCTTTGGGGATCGAGTGAGCGTTTATTAATGTTGTTTTGCTTATATTGATATTTTTTGTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTGTTTGTTTGTTTCAGGAAGATGACAGATGGGTCTTATACGGAAACGTTTAATGCTGTTATAAAAATGTATTAGGACCGAAACTGATATCAATTGAACATATATTTCTAGTAGATTTTCTATTGTTGGAAACTTTATGTCCATTGAGATATTACTAGTAGATTTTCTATTGTTCAAAACTTTAGGTCCATTCATTCGTAATCGACCAAATGTGAAAATTTTAGGAAACCCTATACACTTATTTATAAGGAAGTGTTGACTACAGTAGTTGTAATTTAATTGGTTGATTTATTGAAGTGTTAAAAACGA 3 0 3' arm Lactuca_saligna mirnest 100 tcc-MIR398a 0.0000003 -41.7 .....((((((((.((((..((((.(((((.(((((((((.((...((((((........))))))....)).))))))))).))))).))))..))))...)))))))).. (-41.7)