mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTCCGTCCCAAAATAATTGT AGTTATCTTGGGACAGAGGTA GGTAGTAAGTATTTTGTACTACCTCCGTCCCAAAATAATTGTATTTCTATGATTCAAACTTTGTCCCAAAATAATTGTAATTCTAGAGTACTAATTGCCCCATCAATCATCTCATTTAAATTTATCTCTATTATACCCTCAACCATCTTTCCACTCTCACATAAACACTATTTAATGAGGGGCACCATAGTCTTTCTTCTCAAACCTTAATATATGCTAAACAACATATAATTATAGTTATCTTGGGACAGAGGTAGTATAAAAGTTTTAGCCC TTATGGTAGTAAGTATTTTGTACTACCTCCGTCCCAAAATAATTGTATTTCTATGATTCAAACTTTGTCCCAAAATAATTGTAATTCTAGAGTACTAATTGCCCCATCAATCATCTCATTTAAATTTATCTCTATTATACCCTCAACCATCTTTCCACTCTCACATAAACACTATTTAATGAGGGGCACCATAGTCTTTCTTCTCAAACCTTAATATATGCTAAACAACATATAATTATAGTTATCTTGGGACAGAGGTAGTATAAAAGTTTTAGCCCGTGTAACGGTGCTAGGTATTGTACTCCTCTAAACAATTTAAACAACTCATTATTG 2 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR812 0.00007 osa-MIR1439 0.0002 -53.586 (((..((((..((((((((((((((.(((((((.(((((((((.((.((((.........((((......(((((((.......((((.((((..((((((.(((......................................................................)))))))))...))))..))))..........)))).))).....)))))))).)).))))))))).))))))).))))))))))))))..))))))). (-53.586)