mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGAGTTGCCCTG GGGCGTCTCTCCTCTGGCAGA CGGGGAAGCGAACTAATTGCAGGGCGTCTCTCCTCTGGCAGAAAACCCTAATTAATTTTCCCATTGTCGAATGATTTTGGATATATGGAAGATTTAGAACGCTATTTGCCAAAGGAGAGTTGCCCTGTATCTGGTTTGCTTAATCGAGTCAAGAAA CGGGGAAGCGAACTAATTGCAGGGCGTCTCTCCTCTGGCAGAAAACCCTAATTAATTTTCCCATTGTCGAATGATTTTGGATATATGGAAGATTTAGAACGCTATTTGCCAAAGGAGAGTTGCCCTGTATCTGGTTTGCTTAATCGAGTCAAGAAAATGAATGAAGGTGTGGATAAGTTCATAAAGGGAAAACCAAGCATACTATATAGAACATGGTACGCATTGTGGTGTGGCAACTCATGCACGATCAACAGATAAATATTGTCTCTAAAACCAGAATCATAACAATGTGGCAAAACAATTGCCACATTGTTTTTTTGGAGCCACAACCTAATTGTTGAATGCGTTAGCACGTCTTACTTATTCAAATAGTGGAATCTTTCTTAAGAGAATCATAAATTGTAACTTCGAACTTTAGGGTTGGATTTTAATTTGAGTTTGACATATATAATTTTTAGTTTGTACAAAACTACGTGTGTGATTTTGTCTATATGATGCACACATTATCATTGTTTTGAACTTTTTGATTATATCAATTTGTCTAAGACGAGAGACAACCA 2 0 3' arm Lactuca_sativa mirnest mir-399 0.0001 vvi-MIR399c 0.0000001 -59.4 (((..((((((((((..(((((((((.(((((((.(((((((...........((((((((...((((.((.....)).))))...))))))))..........))))))).))))))).)))))))))..))))))))))..))).......... (-59.4)