mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGAGTTGCCCTG GGACTACTTTCTATTGGCATA GATCAATCATCAAGCGAAATCAGTTAAAGGACTACTTTCTATTGGCATATTTATTTAAAATATGTAATCCATGATTATTAGTCTTATTATGATATGCCAAAGGAGAGTTGCCCTGTAACTGTTTATTGCTTATATGTTAT TCACAAGCTTAATCCAAAAAGTCAAAGAGATGATGGATCAATCATCAAGCGAAATCAGTTAAAGGACTACTTTCTATTGGCATATTTATTTAAAATATGTAATCCATGATTATTAGTCTTATTATGATATGCCAAAGGAGAGTTGCCCTGTAACTGTTTATTGCTTATATGTTATTATGTTACATACGACCGTTTTTTAGAAGATGGACTGGATTCAAGCAATCCCAAGGTGGCATTTACTAAGCCCAGTTGCTAACGCTGTTTATTATTTATGAAGTATGATCAAAGAATTATCCTTACATTACTACTCAACATTTTCTGTTCAAAAGAGTAACAAGTTTAAATACGAATTTTACAAGTCGAAATGGCGATTCCAATTCATCCATCAAAATTGGGTTTGATTTAAGCTAGTTTTATTTTCACTTGTCATAGTTTTAAAATAAACAGATCAATTCTATGCAAAATTTTAAAATAGATAAAAAAAAAAGTTATTGACAAATCAACTAACCGGTTTTGATCCGTATTAGTTCAAAACTATTATTTTGAATGCATGCTATCAAGCGTTATTAAAAGTTAAAACAGTCTACATTTGGGTTTGATAGAAGAAACATTCGCAGGAAACCGTTTCCTTAGTTTTACGAAATATATTTTATTTTTTGTATTTTTTTCTCATAATTTTCAATGCAACTACTTTAATCTTATCATTTGTACTTTTAAGCTAAGTGTGGAGAACATGTTATCACACCCAAAATGTTCACCTCGTTAATATAGTTACATTTTTTTTGTTATAACACTCAACGTACAAATGGACAACATCAAATGACATGTGATAACACCTATC 5 0 3' arm Lactuca_sativa mirnest mir-399 8.0E-6 csi-MIR399d 7.0E-9 -39.8 ...........((((((...((((((.(((...(((((((.((((((((((....(((.((..((((((...))))))..)).)))....)))))))))).)))))))...))).))))))....))))))......... (-39.8)