mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGAGTTGCCCTG GGACTACTTTCTATTGGCATA GATCAATCATCAAGCGAAATCAGTTAAAGGACTACTTTCTATTGGCATATTTATTTAAAATATGTAATCCATGATTATTAGTCTTATTATGATATGCCAAAGGAGAGTTGCCCTGTAACTGTTTATTGCTTATATGTTAT TCACAAGCTTAATCCAAAAAGTCAAAGAGATGATGGATCAATCATCAAGCGAAATCAGTTAAAGGACTACTTTCTATTGGCATATTTATTTAAAATATGTAATCCATGATTATTAGTCTTATTATGATATGCCAAAGGAGAGTTGCCCTGTAACTGTTTATTGCTTATATGTTATTATGTTACATACGACCGTTTTTTAGAAGATGGACTGGATTCAAGCAATCCCAAGGTGGCATTTACTAAGCCCAGTTGCTAACGCTGTTTATTATTTATGAAGTATGATCAAAGAATTATCCTTACATTACTACTCAACATTTTCTGTTCAAAAGAGTAACAAGTTTAAATACGAATTTTACAAGTCGAAATGGCGATTCCAATTCATCCATCAAAATTGGGTTTGATTTAAGCTAGTTTTATTTTCACTTGTCATAGTTTTAAAATAAACAGATCAATTCTATGCAAAATTTTAAAATAGATAAAAAAAAAAGTTATTGACAAATCAACTAACCGGTTTTGATCCGTATTAGTTCAAAACTATTATTTTGAATGCATGCTATCAAGCGTTATTAAAAGTTAAAACAGTCTACATTTGGGTTTGATAGAAGAAACATTCGCAGGAAACCGTTTCCTTAGTTTTACGAAATATATTTTATTTTTTGTATTTTTTTCTCATAATTTTCAATGCAACTACTTTAATCTTATCATTTGTACTTTTAAGCTAAGTGTGGAGAACATGTTATCACACCCAAAATGTTCACCTCGTTAATATAGTTACATTTTTTTTGTTATAACACTCAACGTACAAATGGACAACATCAAATGACATGTGATAACACCTATC 5 0 3' arm Lactuca_sativa mirnest mir-399 0.000008 csi-MIR399d 0.000000007 -39.8 ...........((((((...((((((.(((...(((((((.((((((((((....(((.((..((((((...))))))..)).)))....)))))))))).)))))))...))).))))))....))))))......... (-39.8)