mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGCCAAGGATGACTTGCCTGT AGGCAGTCTTCTTGGCTAA AAATGAAGAGGGACCTTACATGAAGGGAACAATGTGTTTGGTAGCCAAGGATGACTTGCCTGTTGCTTTCTCTCAAAGGATTTATTTATATCAAGACCTTTGTTAGACCGGTTATCAGGCAGTCTTCTTGGCTAACTTGACAATTTCTTCCCTTTCATGTTAGATCTCATTTTC CGGCGGGGGGAAATGAAGAGGGACCTTACATGAAGGGAACAATGTGTTTGGTAGCCAAGGATGACTTGCCTGTTGCTTTCTCTCAAAGGATTTATTTATATCAAGACCTTTGTTAGACCGGTTATCAGGCAGTCTTCTTGGCTAACTTGACAATTTCTTCCCTTTCATGTTAGATCTCATTTTCTAATCTCATTTCTTGATGGCCGTATGAGTTCTATGTCAAAATACATAAGAGGGGGAATCTAAATATTGTGTGTATTTACATATTTTTCTAGTTTCTTGATTTAAGGGTACACTTCTATATGAATCAAACTCCTAGGGGTTATAGTAGCATGCCGAGACATTCTAACATCTTTTCCTTCCACACAGTTTACTCTTATAGTAGTAAACTAAATCAGTCGCATTACTGACAATATAATCATTTTCCAAAGAGAGAAAGAGTAAGACAATGTGAAACCCACAATGATTAATAGACAAATACGAAGATACATGTTTCTTGATTAAAGAGAATAAGGAAAAGGTGATGTAATGGGCAGGTGTCGAGACATGGAGGGAAATGAGAGGGGGACTCAACAGTCAATTAATCTCTTAGAGAAGCAAATCAAGAGTCGAAGAACGAAGGGAAGATGCCCACTTAGAGCATCTTGTGCAACTCCACACACTTTCTAAAGCAATGCCATTTTCTTATACATAGACTAGTAAACAAAAGAGGTTGTAAGTTAGGCTTTATACTCTTACATTTGGTATCAGAGCACCAGGCTCATACCTGGTTCACAGCAAGAA 1 2 5' arm Lactuca_sativa mirnest MIR169_5 4.0E-8 ptc-MIR169k 2.0E-9 -62.7 ....(((((((((.((.((((((((((((.((..((((.((((((((((((.((((.(((((..(((.(((..((((((.(((.........))).))))))..)))..)))...)))))))))))))))))).))).))))..)).))))).))))))).)).)))).))))) (-62.7)