mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGCAAGTTGTCCTAGGCTACA CAGCCAAGGATGACTTGCCGG ATGTGTAGTGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGAGATATTCTTAGGTCTTTGTTTATCCATCTTTGAGTTCTTTTTCTATTTCTTAAAACCCCCCAAAAAAATCATACTCAAAAGGTCACGAAGGCACGCATTTGAAAATTTATATATCACCCATTAATCGTAAAGTTTATTAAAGATTCATAAGCTCCGGTTGGTTAACTGCATAAACTATTTATTGGCCTGTTTCGTTATTTTCGTGTATACGTACATAGGATAAGAAAGAAAGCATAACGTCGGCAAGTTGTCCTAGGCTACATATCTAT CATTTTTTCTACACCCAAAAATGTCCAAATGAAAAGACCATTTCCATATATAGAAATCAAGTCCCACAATTGACTCTTCTTTCCAACTAACGCATCCTATTTCCATAATTGAAAAAAAAGATTAAGCATTGATTCTTAATCTTCATCTTCATCACTATGTTCTTCATCCTCTTTCCACAATCCGAAAAAAGTTCCCACATTTGATCCTTTTCTTGTTTCGGTCTCATGGGAGATAAATTCATCCAAGTTCTTGCATGTGGAGACAAGTTATGTGTAGTGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGAGATATTCTTAGGTCTTTGTTTATCCATCTTTGAGTTCTTTTTCTATTTCTTAAAACCCCCCAAAAAAATCATACTCAAAAGGTCACGAAGGCACGCATTTGAAAATTTATATATCACCCATTAATCGTAAAGTTTATTAAAGATTCATAAGCTCCGGTTGGTTAACTGCATAAACTATTTATTGGCCTGTTTCGTTATTTTCGTGTATACGTACATAGGATAAGAAAGAAAGCATAACGTCGGCAAGTTGTCCTAGGCTACATATCTATCATGTACTCACATGCTAGAACTATGATGAGCAGTATTCAAGATTGATATTGCAGAGAGTTGGGGGATATCATCTATGAAGTGTTTTTTATGGTACAAGCTGAAGTTGAAACAAATACTACAACANATTAATCAAGTTGCAGCAATGGTCTTCTTTACTTGACAAGGTATCTTTTTGTCTTTATTTACATTCCACATCCACCAAACAGGAATGTACAAAGGAATGAAATCC 2 0 3' arm Lactuca_sativa mirnest MIR169_2 0.00000008 vvi-MIR169c 0.00000006 -66.8 .......(((.((((.(((((((((((((((...(((.(((...(((((.(((((((...(((((((...((((......................))))....))))))).(((.((((((.((.((...((((..(((((.((......((((((((...(((((((.((...)).))))))).))))))))....)).)))))...))))...)).)))))))).)))...(((((....))))).))))))))))))))).)))...))))))))))))))).)))).)))...... (-66.8)