mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCTGTTCAATAAAGCTGTGG ACAGCTTTCTTGAACTGCATG GAATGGTGCTCTTTCTGTTCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCATGGTTCAACATTGATCTATTCGAATCTTTGCTGTTCAATAAAGCTGTGGGAAGATAGAGAGAGGATCAAC ACCCACTTCTAACTCATACATACAACCCTATACACACACTCCACACAGTGCTTGTGTTATCACGAACCCTAATTTGGGTTTCAATTGTGAAGAAGAAGAAGAAGAAACTTGAATGAATGGTGCTCTTTCTGTTCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCATGGTTCAACATTGATCTATTCGAATCTTTGCTGTTCAATAAAGCTGTGGGAAGATAGAGAGAGGATCAACCCAGAAAATTAAACACCGAGAAAGTAATCCTAGATCTACCCTTTATGGTATATATGTATATATATCTAATATCTACCTTTCTTGTTCTTCATGTTCTTGGACTTCTAAATTTATTAACTAAATGTTATTTACTGATAATTATATGCATTTGATCACTAGTGTTGCATCTGTTATTTTGGTTCTTGATTAAAAACATTAAAGCCCTGTTATTTTTTAACATTTGATTCATTTGAAACTCAATCGTTGTGAGATCTATATGTATATGTGTGTGATTGCCAACATTACATGAGATTTTCTTATTTAGTTTTTTAACACACACACACACACACGTACACACGTACTTATTTATTTCCTTGAATATAATTGGTTGAAGACGTGGTTAACATTCTAGTAGTTAAACTTTTCACTAATTTGATGTAATTTAACAATATTTAGACTTTGAATTCTATACAATCAGATTTATGGTTTTTAAGCCTCACAAATGGCTCAAGAAAATCTCTTTGGATTAGATAGCATGAAACCTCAGAGTATTCCAAAACGCTATAAGGATTTTGTTACCTTTCATGTCATCGCCACACAATTTGATAGCATGGAAAGGGTATCATTTTGT 2 0 3' arm Lactuca_sativa mirnest MIR396 1.0E-7 lja-MIR396 6.0E-9 -50.1 ...((((.(((((((((((.((((((((((((.((((((.(((.(((((...............)))))..))).)))))).)))))))))))).))))))))))).)))).. (-50.1)