mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTGGGGTGAAGGGAGCTCCT GAGCTCTCTATCGCCTCGACCC ATACTTATGGTTGGAGCTCTCTATCGCCTCGACCCTGAAAGGAAATCGATCATGGTGGTTCATGGCTGCTCTTTCATGAATGCTTGTAGGTGCACCAATGTTGTTGTAGTGTGCATTCTAAGGTTAGCATGAAGGTGGAGCCATGGTTTGATCATCTTTTTGGGATTGGGGTGAAGGGAGCTCCTCCCATGATCA CGGGGATACAAGTTAGGAATCAAAGGGAGATTTAAGGTGGATACTTATGGTTGGAGCTCTCTATCGCCTCGACCCTGAAAGGAAATCGATCATGGTGGTTCATGGCTGCTCTTTCATGAATGCTTGTAGGTGCACCAATGTTGTTGTAGTGTGCATTCTAAGGTTAGCATGAAGGTGGAGCCATGGTTTGATCATCTTTTTGGGATTGGGGTGAAGGGAGCTCCTCCCATGATCAATGTCTTTCAACTATTTGTTGACATATATGTTATCTTTTTAGTTGTGATCATAATTTAAACATTCATCTCTTTATTAGGCTATGTATTTTCTATTTACTGATGAGATATTTGATTTCATGGAATCCTGGGTTCGATGAGATCGATTATGATGATTTATTGCAGAGAGATGAATCCAGTTCACAATCGGTACATGAAGGACGACAAAGATATATGCATATGCAACTTCCATTGTAGCCTCTTCAATGGCAAATGTAACGTTGAATTGTTACTAATGTGGAGTCTATTAACATTAATTAAAACATCTAAATATGAAAATTG 2 1 3' arm Lactuca_sativa mirnest MIR159 0.00005 ptc-MIR159e 0.000003 -78.7 ....((((((..((((((((((.(((((((((.((((((((((....(((((.......((((((((.((((((((((...((((...(((((((((((...))))....)))))))...))))...)))))))).))))))))))..))))).)))))))))).)))))))))))))))))))..))))))... (-78.7)