mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTCTCAGGTCACCCCT GAGTGACACTAAGAACACATA CCCACAAGGGCATAACTCCATAGGAGTGACACTAAGAACACATATGGTTGAATTGCTATCTCCACTGCATATTCATATGTTGTACAGTACAAATTTTCGATGCACATACAGTTGTTTGTGAGACATTGTGTGAACCATCCATTTGTGTTCTCAGGTCACCCCTTTGGAGCACCCTGTTTCCTT CTTCGGCGGGGATGCAACCGAAGAACCCACAAGGGCATAACTCCATAGGAGTGACACTAAGAACACATATGGTTGAATTGCTATCTCCACTGCATATTCATATGTTGTACAGTACAAATTTTCGATGCACATACAGTTGTTTGTGAGACATTGTGTGAACCATCCATTTGTGTTCTCAGGTCACCCCTTTGGAGCACCCTGTTTCCTTTCTTTCACGATGTACAACTCCAAGATGCACAAACGTTATGGGGATTATTGTTCATCAAGGCTTCAAAGTCACATTAAAGGAAAAACACGATTTTTGGTGAACTTGACAACAAGAAACCTCTTCCAATCCCCAATAACGTCATCAAAGGTTATGATTATCAGCAATAACTCATCACCAACATTCCATCATCATCCATCGAGTTTACCACAACCATGAAGATTTCAACCCAGATCAAGATGTGTTTTTCTGAAAAGATGGAAGGCTAAATTCTTTAAGATTATTTTTGTGAATGTTATATGATGTTAGGATGAACACATTTTGATTATTACAATGATTCCAAACAATTTATAGTATTCTTATGTTTTAGACGTTAATCATTCGGCTATGGTATTTGAAATTGTGTTTTGTGTTTGCTATTTCAACTAAGATATTGTATTGTTAATTCATTCATCGTTACAAGTTCAATAAGTGTAGGAGTTAGATTGTT 2 1 3' arm Lactuca_sativa mirnest MIR398 0.0000002 vvi-MIR398a 0.00000001 -52.2 ......((((.....(((((.(((.(((((.((.((((((((.((((.((...(((..........)))..((((((((.(((....(((((((......((......))...)))))))..))).)))))))).)).)))).)))))))).))))))).))).)))))..))))........ (-52.2)