mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATCCTCATCATCATCATGT GTGGTGGAGGTGAGGATTTGA GTGGTGGTGGGCGTGGTGGAGGTGAGGATTTGAAATGTTATGAGTGCGGTGAGCCTGGTCATTTTGCAAGAGAATGTCGCCTGAGAGTTGGGGGTCGAGGTGGAAGGCGTCGTAGCCCTATTCCAAGGCGACGTAGGAGTCCAAGCTATGGAAGGAGGAGTTATAGTCCTCGTGGAAGAAGATCTCCGCCACCTCGTTATAGCATATCACCTCGCAGAGGTCGTAGCTACAGCAGATCACCACCTCCTTATCGCCGTTCAAGGCGTGATGATTCACCATATGGAAATGGAGTGTAAAGGCTGATATGGTGCAAAAGGGTGATGTTTTTTGATGTGTTCAGCTTCTTCTTCAAACTTAGAGGTCTCTTTCATACTTTTAGTATTTACTCTTAATGACTTTCTAATGCTTTTGTGATGAGTATAATATCATATGTTTGTGATTGGTTGCTAAACAATTTATTGTATATCTTCTTTTCATTGTGCTGTGAGAGGTTTGGTTATCAGCTCAACCTTCGCTCTCTACTCTCTGCATCTTAGACTACTCTTCTCTGCACATCATCATCATCATCATCCTCATCATCATCATGTTGGTGGCTT AAGAATGAGTGGCGTGTGGAGCTATCCCACAATTCTAAAGGAGGAGGTGGTGGTGGGCGTGGTGGAGGTGAGGATTTGAAATGTTATGAGTGCGGTGAGCCTGGTCATTTTGCAAGAGAATGTCGCCTGAGAGTTGGGGGTCGAGGTGGAAGGCGTCGTAGCCCTATTCCAAGGCGACGTAGGAGTCCAAGCTATGGAAGGAGGAGTTATAGTCCTCGTGGAAGAAGATCTCCGCCACCTCGTTATAGCATATCACCTCGCAGAGGTCGTAGCTACAGCAGATCACCACCTCCTTATCGCCGTTCAAGGCGTGATGATTCACCATATGGAAATGGAGTGTAAAGGCTGATATGGTGCAAAAGGGTGATGTTTTTTGATGTGTTCAGCTTCTTCTTCAAACTTAGAGGTCTCTTTCATACTTTTAGTATTTACTCTTAATGACTTTCTAATGCTTTTGTGATGAGTATAATATCATATGTTTGTGATTGGTTGCTAAACAATTTATTGTATATCTTCTTTTCATTGTGCTGTGAGAGGTTTGGTTATCAGCTCAACCTTCGCTCTCTACTCTCTGCATCTTAGACTACTCTTCTCTGCACATCATCATCATCATCATCCTCATCATCATCATGTTGGTGGCTTCTTGTGTTTTT 3 0 3' arm Lactuca_sativa mirnest 100 100 -163.6 ..(((.((.((((((((((.(((((((((.(((..((..((((((((((.(((..(((((....((((.((((..((.....((((((.((((((((((((((..(((......)))...(((((.((((((......)))...))).))))).(((((.......))))).((((.((...))))))))))))))...((((.(((.(((((...))))).))))))).(((.(((.((((..((.(((.((((......))))))).))(((((..(((....)))..))).)).((((..(((((((((((((((.(((((....(((..((((.(((.((.((..(((((.((((.(((((..(((((.....((((((...((.....))......))))))..))))).))).))....)).)).))))).))..))..))).))))..)))....))))).)))))...))))))))))...)))))))).))).)))..)))))))))))).)))))))))).....))))))))....)))))).))))...)))))..))))))))).)))))))))).)).))). (-163.6)