mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTGCCAAGGGAGATTTGCCC GTAATTACTCCTTGGGCAGTGG AAATGTATGGATGTATTACCGGGTAATTACTCCTTGGGCAGTGGATCGGTCATCGTTTCTACTGCCAAGGGAGATTTGCCCTGCAATTCATCGTCTACAA ATGCATAGGATAACAACTTTTAAATGTATGGATGTATTACCGGGTAATTACTCCTTGGGCAGTGGATCGGTCATCGTTTCTACTGCCAAGGGAGATTTGCCCTGCAATTCATCGTCTACAACAAGTCGGTTAGTTAAGGCTGAAGGCTATGGAATATAAAGCCACAAGCCCTTCTCGTGGAAAAGTGGTGAGGTGGCCACGATCGTGCACACCATCTGTGGTGCCATGNACGTGGTGTTTCACGGTATGTAGCACAAAGCACAAACAACAAACGGGGAAGAAAGGGATGATTTTCAAGAGCTAAATGAC 3 1 3' arm Lactuca_sativa mirnest mir-399 0.00002 aly-MIR399i 0.0000003 -37.1 ...((((..((((.(((...((((((...((((((.(((((((((.(((...)))..))))))))).))))))..))))))...))).))))...)))). (-37.1)