mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTCTCAGGTCACCCCT GAGTGACACTAAGAACACATA ACCGAAGAACCCAACAAGGGCATAACTCCATAGGAGTGACACTAAGAACACATATGGTTGAATTGCTATCTCCACTGCATATTCATATGTTGTACAGTACAAATTTTCGATGCACATACAGTTGTTTGTGAGACATTGTGTGAACCATCCATTTGTGTTCTCAGGTCACCCCTTTGGAGCACCCTGTTTCCTTTCTTTCACGA GCGGGGATGCAACCGAAGAACCCAACAAGGGCATAACTCCATAGGAGTGACACTAAGAACACATATGGTTGAATTGCTATCTCCACTGCATATTCATATGTTGTACAGTACAAATTTTCGATGCACATACAGTTGTTTGTGAGACATTGTGTGAACCATCCATTTGTGTTCTCAGGTCACCCCTTTGGAGCACCCTGTTTCCTTTCTTTCACGATGTACAACTCCAAGATGCACAAACGTTATGGGGATTATTGTTCATCAAGGGTAGTAAATTTATCATCATTCTCTTCACTTTCTATGTTATTGTGCTCTCTTTTCTAATGCTCTTTTACCATAGCTAGGATTAATTGGTGTTCAAGATTTTAATTAATCATGTCATTATTATAAAAACGTAATTTAGATATGGGTTGAAATGGTCAAAGCCTATGGTGGAAACAACGAGCCCAAGGGTGAAAGACTCAAGCATTACGATGGAGCCATTTTCACCCTAATCTCTCTAACTTCTCTTCTTAGCCTATAAATACAGCTTAAAAGTCTCATTAAAGGACAAACATGATTTTTGGTGAACTTGACAACAAGAAACCTCTTCCAGCCCCAATAACGCATCAAGAACGCCATCAAAGGCTGGGATTATCAACAACTCATCACCAACATTCCATCATCATCTATCGAGTTTACCACAACCATGAAGATTTCAACCCATATCAAGATGTGTTTTTCTGAAGAGATGGAAGGCTAAATTCTTTAAGAGTATTTTTGTGAATGTTATGTGATGTTAGGATTAACACATTTTGATTATTACCTTGATTCCAAACAATTTATTGTATTATTATGTTTTAGATTTTAATCATTCCACTAATGGTACTTGAAATTGTGTTTTGTCTT 2 1 3' arm Lactuca_serriola mirnest MIR398 0.0000002 vvi-MIR398a 0.00000001 -55.5 ...((((((...((((.(((.....(((((.(((.(((((.((.((((((((.((((.((...(((..........)))..((((((((.(((....(((((((......((......))...)))))))..))).)))))))).)).)))).)))))))).))))))).))).)))))..)))))))....))))))..... (-55.5)