mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATCATCATCATCATCATGG ATGGTGGTGGTGGTGGTGGAG GCATGCTTTCACTGGTCCTCAGATGTATGGAAATGGTGGTGGTGGTGGTGGAGCTGTTCATGGTTTTAACTATGGCGGCNATCATCATCATCATCATCATGGACATGGAGGCCATCAGCAGAGAGGTCATC CGGGGATGCATGCACTAGGAATCTTCCTCCGATTCTACACCTCAAGCAACGAATATTGATTTCAGGGTGCATCGCTTTCGCCGGTCGCTGTATTTCTCCGTAGATCTATACGGAAATTGAGCATTTGCTCTGAGAGAGATGTCTGCTGGGTTTGGGGAAGTGCCAAACAGGTCACCCCAATCCCCATCTTGTTCAAACCCTAACAATTCCAACAATGGCGATCCAGGAAACTTTGAATGCAACATATGCTTTGATTTAGCTCAAGATCCAATCGTGACTTTATGTGGTCACCTCTTTTGCTGGCCATGCCTTTACAAATGGCTCCACATTCATTCACATTCACAAGAATGCCCAGTTTGTAAAGCCCTAATTCAAGAAGAAAAGTTAGTACCTTTATATGGAAGAGGCAAAAACTCAACAGACCCAAGATCAAAGTCAGTTCCAGGTGTCGAGATTCCACATCGGCCGCCAGGTCAGCGACCGGAAACCGCCCCTCCACCAGACAGAAACGCATTCCCTCAACATGGATTTGGATTAATGGGTGGTTTTGGGCCTGCAATGACTGCAAGTTTTGGGAATTTTACTTTCTCATTTGGTGGGTTGATTCCATCTTTCTTTAATGTTCAAATGCATGCTTTCACTGGTCCTCAGATGTATGGAAATGGTGGTGGTGGTGGTGGAGCTGTTCATGGTTTTAACTATGGCGGCNATCATCATCATCATCATCATGGACATGGAGGCCATCAGCAGAGAGGTCATCACCATGAAACA 2 0 3' arm Lactuca_serriola mirnest 100 100 -50.8 .....(((((.(((((((((..((((......(((((((((((((((((((.(((((.((((((....)))))))))))..)))))))))))))))))))..)))).))))..)))))..)))))...... (-50.8)