mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGGACGGAGGGAGTACTT CTACTCCCTCCATCCGGAAAT ACGCAAGAAAAACTACTCCCTCCATCCGGAAATACTTGTCAGAGAAATGGATGTATCTAGACGTATTTTAGTTCTAGATACATCCATTTTTATCCATTTGAGCGACAAGCTTTTTGGGACGGAGGGAGTACTTAACAACCGA CGATTTTTTCTTTTTTTTTTTGAATGAATATTCTGCAAATTACATTTCATCAAACAAATACAAGTGTTACACATGCTTAATCAAATTACTGTTGAAGCACACACACACACCCAATCGTATGTATCTGTTGTAGTACACAGCCAAACTAAGACAAATTAATCTCACCAAACCAATGCATATAAATTAACACACGCACGCAAGAAAAACTACTCCCTCCATCCGGAAATACTTGTCAGAGAAATGGATGTATCTAGACGTATTTTAGTTCTAGATACATCCATTTTTATCCATTTGAGCGACAAGCTTTTTGGGACGGAGGGAGTACTTAACAACCGACGGATTGATTGATTGCATGATGAAATAAAATTTGGAATGAACAGCTAATAAATAACATACATGCATGCATGGATGCACTGGCGATGCATGCATGCGCTGATTTGCCGGAGGAACTGATGGATTAAGCGCACTGGAAGCCCTTGGGGGCGGTCTTGCCGCAGTAGTTGAGGAGGAGGCTGAGCTTGACGGGGATGTTGAGGACGATGCCGAGGACGTTGGCCTTGAGCGCGGTGCNNNGGCACACGGCGGCCTCCAGGTCGGCCAGGCCGCCGNNGNNNCTGCAGCACTTGTCGCCGCCGCCGCTGGGGGGCTTGCCTACGCCCACGCTCACCAGGCCCAGCACGTTGGCGCNNNCGCCCAGCTTCAGCGTGTCTGTGGG 3 0 3' arm Leymus_cinereus_x_Leymus_triticoides mirnest MIR1122 2e-34 tae-MIR1135 1e-22 -53.3 ..........((.((((((((((.(((.((((..((((((..(((((((((((((((((((...((....))))))))))))))))))))).((.....))..))))))..)))).))).)))))))))).))......... (-53.3)