mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCCTCCGTAAAGAAATATAA CTATTTCTTTAGAGGGAGT TTAGTTAATACTCCCTCCGTAAAGAAATATAAGAGCGTTTAGATCACTATTTCTTTAGAGGGAGTACAAGAGT AGATCCATTATTGACACAACAATTCTTGACAAGCAGATTGTTCATTCAACTTTGTACAAATTATGGAACGACGGCTACATAGATACAGAGGTCTGTTTCCTAGTGTCATCAGAAAAAGTAGTATTTCTTGCTTGGAGGGCAGAGAGAATGACAATGATAACCCTCCTTGCTTTAAATGTTAGTTGTGCGATAACTTCACTGCTTTGATGGTCTACTACTTTACTATAGAAGGCAGGTGGCCCATATTAGCCTTATGAATGCATCATGAATTTGTGATATATTGCGTTACTTTCATCATAAATCTGCATACATTTATAAGCAATAATGCAGTTTAAAAAGGCTATTTGAGCATTTGGGACAAAGCTTGTAAACAAACTTGATAAGTTAGTTAATACTCCCTCCGTAAAGAAATATAAGAGCGTTTAGATCACTATTTCTTTAGAGGGAGTACAAGAGTAAGTGTCTAAAGTTTTCTTGACACATTAAGTACTTAAACACAAATAATATCCAGTTATATGTTCTAGAGGAATTCCTAGTTATGTGAATGGTGCTCGAACACCTTAACCCACACTTTGAGTTTTGTAGTGTGGCAATTGGTAATACCACAAAAGTTCAGAACTTCTTGCACCCATAAGTTTCACCAGCTCAAGAGCATATCTAGGTGCTTCATTAAACACTCATTCCTTAAAATAGTTGTAAGGAACTTCTGTAAATTTACAGAACAAAAACCAGTTTTAGGGAAGATCCTTCAAAAAAAAATAAGGACAAGGAATGGGATTAGGAGCGAGAGTGCTTATTCCTTATAGTT 3 2 5' arm Leymus_cinereus_x_Leymus_triticoides mirnest MIR1122 0.00000000000007 tae-MIR1121 6e-17 -20.9 ........(((((((((..((((((((((...((.........))..)))))))))))))))))))....... (-20.9)