mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGTAGTGCATATTTGATTTT AACCAAATATGCACCACATTG AGAGCTGTTTATATACTACTTGTTACTCCCTCTGTTCCACAATGTAGTGCATATTTGATTTTTAATAAGTCAAACAAGTCTACGTTTGAGCAAGATTGTAGGGAAAATATCAACATCTAAAATCCAAAACTAGTATCATTAGATTCATCATGAAGTCTATTTTCATATTTTAAATATTTACTCCCTCTGTCTCATAATATAAGACGTTTTTAGTAGTATTTTAGATGCTGATAGTTTATTCTATAAACTTGGTCAAACGTAGACATGTTTGACTTTCTAAAAACCAAATATGCACCACATTGTGAAATGGAGGGAGTATGAAGTACCGAAACCTTTTCCT AGGATGAATGTGCATTGCTCTCTAGACGGCNNNNTTCTGAATACCCTGTTCGAAATATGTTCAAACTCTTTATATGTGCTATTTGTCAAGTAGAGTTAAAGCCAAATCAAGGGATATCTGTACATGAAGATTCATCACAACCTGGGAACTTGCGTCGATGGGATGGTCCGTTCCTTTGCCAGAGCTGTCAGGAAAAAAAAGAAGCCATGGAGGGAAAGCGCCGTTCACGAGGTATTGTTTGCAGAGCTGTTTATATACTACTTGTTACTCCCTCTGTTCCACAATGTAGTGCATATTTGATTTTTAATAAGTCAAACAAGTCTACGTTTGAGCAAGATTGTAGGGAAAATATCAACATCTAAAATCCAAAACTAGTATCATTAGATTCATCATGAAGTCTATTTTCATATTTTAAATATTTACTCCCTCTGTCTCATAATATAAGACGTTTTTAGTAGTATTTTAGATGCTGATAGTTTATTCTATAAACTTGGTCAAACGTAGACATGTTTGACTTTCTAAAAACCAAATATGCACCACATTGTGAAATGGAGGGAGTATGAAGTACCGAAACCTTTTCCTTATATATTGTTAACTTGCTCCAGATTCGTCATCGAGAAATAGCAGGTTCAGTGAATAGTTGCC 2 0 5' arm Leymus_cinereus_x_Leymus_triticoides mirnest MIR1122 0.00000002 tae-MIR1130 0.00007 -113.6 ................(((((..(((((((((((((.((((((((.(((((((((((.((((((..((((((((((.((((((((((((.((((.(((((((.(((.(((((.((((((((((...(((.(((..((((..........))))...))).))).(((((...)))))(((((.....(((((.((...)).))))).....))))).)))))))))).))))).)))..))))))).)))).)))))))))))).))))))))))..)))))).))))))))))).)))))))).)))))))))))))..)))))..((((...)))).. (-113.6)