mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATTACTTTACAGAGGGAGTA CTCCCTCTAAAAAAATATA ATATACATTAGGTTTTATTGTACTCCCTCTAAAAAAATATAGGATCGTTTAGATCACTACTTTAGTGATCTAAAGGATCTTATATTACTTTACAGAGGGAGTACCTTGTAACAAGTAACAGC GCATTTTTTCTTTTTTTTTTTAGCCAAGTGAAAGATGGTGATATACATTAGGTTTTATTGTACTCCCTCTAAAAAAATATAGGATCGTTTAGATCACTACTTTAGTGATCTAAAGGATCTTATATTACTTTACAGAGGGAGTACCTTGTAACAAGTAACAGCCTGCCCCAGCAGATTCAACAAGCCTATCTCATAACCAAACAATCCACAAACAAGTTTGTACAAAAAAAGGCACAACCATAACAAACTTTTCTTGTCATTTTTCAGTGTACAGCAGATAGTATACATAATCTAAACCCAGAATCACATATAGCTAAATTTTAAGCCTGACTTGTTCTTTATTCCATCTTTAGCCACCCCGTGGCTGTAGCGGCAATCCAAACATTGACCACAAACTTATGACAAACTGCCATATGTACCAGAATTTCGTTTAGAACTTTTATAGATTGTTGGATGGTCCAACTGCTGCTTAGATGGCTTCCGCCTGCTCTTCGATCTCGCTGCGTCCAGCATCGCTTGTGGCACTGCCGTTAACAGGCACCTCGGCGGCGACAGAAGGCGAGCTCACGGCACCGTTCACCTGCACTTCACCAGCAGCCTCGGACATGTCGCTTGACGGTTGCTTTGTAAGGGACTTCTGTTGACGGATGGCAGCCGCTGCTTCTGGCATGGCAACACCTGGAGGCTGAGGGGGCACCCATTGACGCTGAGGCGGCGGCCTTTCCACTACACCACTGCTGTATGCCAGCGGCCTGGGCTCCTCTGCATGAAAAT 2 2 3' arm Leymus_cinereus_x_Leymus_triticoides mirnest MIR1122 2e-18 tae-MIR1121 0.0000000000004 -44.6 ...........(((.((..((((((((((((((..(((((((((((.((((((((((((...)))))))))))).)))))))))))..)))..)))))))))))..)).))).......... (-44.6)