mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTACTCCCTCCGTCCATAATA TTCCGGACGGAGGAAGTACTA TCACATGACAGCTACTCCCTCCGTCCATAATAAGTTGTCGCTCAAACGGATGTATCTAGCACTAATTCCGGACGGAGGAAGTACTATTTTCTTA TTTTTTGTGAAATTTTCCAAGGAACATTATGGCTTATAATATTTAAACAATTTATTCAATAAAAATGGACGACCCACAAACAAGCTGAACAAAACGACATAATTCCTAATAGGCAAATCTTACAAGAAGTACTTGAGTTAAAAAAGCTGGTGTCTACTGCAATTTGTCCCAATGGTGAATATAAAAGCACATAGATTCCTCACATGACAGCTACTCCCTCCGTCCATAATAAGTTGTCGCTCAAACGGATGTATCTAGCACTAATTCCGGACGGAGGAAGTACTATTTTCTTAGGAAATAAGATCACTACGACTAGGCACAAACTGATCGATCAGTTTATAGCTACTTGTCCTGCACACATCGGTATCAATTGCCCAACTTCTTGCATGGCCCCTTCACAAGCTTCGGCCCAAAGAGAATTCTTCTCTCTAATCACTTGCTTGCTCAGCTCCATATGCTTCTTAGCCTCCTTGACGAGGCACGCCAATATCCTTTGATTCTTAGCCTTAGACTCAAAGAGAGACACCGTTCCATCATAGAGCCTCAAAATAGCTCCCTTGATGATCCCACTATCTTCATATTTATGTGCATCAGTCATTAACTTTGATAACTCATCTGTTGAAAACATCTCGTGAGGATTGCCAAATAAGATCTTGCCTTTAGGGTNNNATACTATCTTCAGNGCTGTTGCAAGTTTCAATATGTCCCAATCC 5 0 5' arm Leymus_cinereus_x_Leymus_triticoides mirnest MIR1122 0.00002 tae-MIR1133 0.00007 -22.9 ......((.((.((((.(((((((((..(((.(((....(((.....(((....))))))))).)))..))))))))).)))))).))...... (-22.9)