mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTTCCTAAATA TTTAGAAACGGAGGGAGTATT AAGTTCATATGTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTATAGAGATTTCATTGCGTACTACATACGAAAAAATGAGTGAATCTACACTCTAAAATACGTCTATATACATCCGTATGTAGTCTTTATTGAAATCTCTAAAAAGACTTATATTTAGAAACGGAGGGAGTATTCACCATGT CGATTTTTTTTTTTTTTTTTTGACCAACAAAATGGAACAAGTTCATATGTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTATAGAGATTTCATTGCGTACTACATACGAAAAAATGAGTGAATCTACACTCTAAAATACGTCTATATACATCCGTATGTAGTCTTTATTGAAATCTCTAAAAAGACTTATATTTAGAAACGGAGGGAGTATTCACCATGTTCGACCACCACAGGAACCAACAGTTAAAATACACGGAGCACCGATTTTCCAGCCACTACAGTACTGAGACACGACTTAACTAAGACTCGTCCTGACTTATCTAGTTTTTATTGCCAACACAGTTATACAACCATTGTAACTTACAGGCTCCCCCACCTACTTGTATACCACCTGAGTACAAACCCTGGACCCAAAAAGCAGCTACACATAATTATACAAGAAAGAAAAACTCGAATACCCAAATTATCTGCAGCAATGCATTGTATGAAGAGCACCCCCGGCGTTGTACAGATCAGATTAGGGGAAATCCGGCGCGCGATGATCCTTGGTTATTCCCTGGGCCTAGCAAGCCACAGAGAGCTCAGCGCGCGCAAACGCGAGAAGTAGTCATGTATAGCTAGGAGAGCACGGGAGGCCTGACGGATCGTCAAGATTCGCTGCATTTGATGCAAGGTCTGCTGTCGCAGGTTGTCAGCCTGGCGANNNAAGTTCTCGAGTGTTCCAAGCTTGCCCATGGACATGGCCATCTGGCCCATGTAGTTTGCAACATTCCCTGAAGAACCAGAGNAGGAACCCAGAGATCCAGCCAAAGTCTCTGCCAGTGATTGCTGCAATGCTTCCATCCC 1 0 5' arm Leymus_cinereus_x_Leymus_triticoides mirnest MIR1122 1e-48 tae-MIR1126 3e-33 -69.8 ..........((((((((((((((.((((((((((((((((.(((((((((((.((...((((((((((.......(((((......))))).....................))))))))))...)).))))))))))).)))))))))))))))).))))))))))))))......... (-69.8)