mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCCCAAAAAG TTTCCGGATGGAGGGAGTAGT ATCAATCCGTCGGTTGTTAAGTACTCCCTCCGTCCCAAAAAGCTTGTCGCTCAAATGGATAAAAATGGATGTATCTAGAACTAAAATACGTCTAGATACATCCATTTCTCTGACAAGTATTTCCGGATGGAGGGAGTAGTTTTTCTTGCGTGCGTGTG AGCACCACCTCCAGCACTAGCTCTAGCTAGCTTAGCCGGCAGCAATGGCGTCCAGGACCTTCTCGGTGGCGTGCCTGCTGGCGCTGCTGTTGGCCAACACGTTCCTGGCCGGCGACGCGTGCAACAGCTGCAAGCACCACACCCCGCCCCCGACGCCCCCGTCCACGCCCCCGCCGGCGCCCCCTACGACGCCTTGCCCACCGCCTTCGTCTGGCGGCGGCGGCTCGGGCACGTCGTGCCCCACAGACACGCTGAAGCTGGGCGCCTGCGCCAACGTGCTGGGCCTGGTGAGCGTGGGCGTAGGCAAGCCCCCCAGCGGCGGCGGCGACAAGTGCTGCAGCCTCCTCGGCGGCCTGGCCGACCTGGAGGCCGCCGTGTGCCTCTGCACCGCGCTCAAGGCCAACGTCCTCGGCATCGTCCTCAACATCCCCGTCAAGCTCAGCCTCCTCCTCAACTACTGCGGCAAGACCGCCCCCAAGGGCTTCCAGTGCGCTTAATCCATCAGTTCCTCCGGCAAATCAGCGCATGCATGCATCGCCAGTGCATCCATGCATGCATGTATGTTATTTATTAGCTGTTCATTCCAAATTTTATTTCATCATGCAATCAATCAATCCGTCGGTTGTTAAGTACTCCCTCCGTCCCAAAAAGCTTGTCGCTCAAATGGATAAAAATGGATGTATCTAGAACTAAAATACGTCTAGATACATCCATTTCTCTGACAAGTATTTCCGGATGGAGGGAGTAGTTTTTCTTGCGTGCGTGTGTTAATTTATATGCATTGGTTTGGTGAGATTAATTTGTCTTAGTTTGGCTGTGTACTACAACAGATACATACGATTGGGTGTGTGTGTGTGCTTCAACAGTAATTTGATTAAGCATGTGTAACACTTGTATTTGTT 3 0 5' arm Leymus_cinereus_x_Leymus_triticoides mirnest MIR1122 2e-34 tae-MIR1135 2e-22 -58.2 .......(((.((.....((.((((((((((((((..(((.(((((((........(((...(((((((((((((((((...........))))))))))))))))).)))))))))).)))..)))))))))))))).))...)).)))........ (-58.2)