mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AACTACTCCCTCCGTCCGGAA TCGGACGGAGGGAGTACTACA TTGTACACCTAAACTACTCCCTCCGTCCGGAAATACTTGTCGGAGGAATGGATGTATCTAGATGTATTTTAGTTCTAGATACATCCATTTTTATCCATTTCTCTGACAAGTATTTTCGGACGGAGGGAGTACTACACATGTTGT GCATTTTTTTTTTTTTTTTTTGTCCAGGGATAATTTTCATATTCTAGATGATCTTGTCCAGGGATAACAATCATACAGGCCTCGGTGCCAACACTCAGCTTGTACACCTAAACTACTCCCTCCGTCCGGAAATACTTGTCGGAGGAATGGATGTATCTAGATGTATTTTAGTTCTAGATACATCCATTTTTATCCATTTCTCTGACAAGTATTTTCGGACGGAGGGAGTACTACACATGTTGTGTTTGTGCTGTCAGTTTACAGGTTACAGCTAATGCTACAAAACTGGGTGGTTAATGGTACACTAATGCCCCAAGAGAATCCATAGTTGCTGTCAATTCTGATTCCGCATGATGTGCTTTCTTCCTTCAAGCTCTGAGTTCTCTTCGAAAGCACATTCAGGCCATGACTCGGGAAGCACAAGCGAAAATCATAGATCCGAATAAATGTCCAATTCTCAGTTTGTGCTTTAAAGTGAACTTACAGGTCATCATCATCCACCATCAGTTCATCTGGAAGGTGTACTTTCTCCATTGCAGACTGCCAAACATCAGGCAAACATTCTCTCAAAAAAAACATCAGGCAAACATGTAACAGTATTCAAACACAAGTGATTCCAATCAATGATACCAGCGCGGTAATGCGAAGAAATTATTTAACTAGCAATTATTATGGGACCACTCTAGGAAAAGAAAAACATAGGTTGGTTTATGTATAACAAAAAAAATGTAGTGAAGGAAACAAAAAGACAGCAAAAGGGGCGGCTT 3 0 5' arm Leymus_cinereus_x_Leymus_triticoides mirnest MIR1122 9e-49 tae-MIR1128 9e-24 -73.3 ..............((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((......(((((((((.......)))))))))......))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))..(((.....))) (-73.3)