mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTATATTATGGGACGGAGGG CTCCGTTCCATAATATAAGAA GCCATAGTTCGTACTCCCTCCGTTCCATAATATAAGAACGTTTTTCAAGCTAACAAGCTTACAAAAATGCTCTTATATTATGGGACGGAGGGAGTACTTGGTTGTT GCATTTTTTTTTTTTTTTTTTGGCAATAACAATTTTATCTTAGCAGTTGCAGCTTGTACAAGTAATCACAGGACAGGGCATCTGGCGCTAAAATAATTACCCGGCATAGTCGTCCCATTCAAATAACTGGAGATGAGATCCTACAAGGAAAATATTTGAGCGACAAGGTTTCAATCGGAGCCATAGTTCGTACTCCCTCCGTTCCATAATATAAGAACGTTTTTCAAGCTAACAAGCTTACAAAAATGCTCTTATATTATGGGACGGAGGGAGTACTTGGTTGTTGGCCATGTCAACTGCAAGAACCCATGCCTTTGGGTGCAGGAATTTGACCGTGATGATCAGGTAAACAACAGTTCCGCTCTGCAGCCTCACCGTTCAGGTTGAGAACAGGCTGACATGTCCAGAGATTCTGCAAGTTCCGCTCTGCAGCCTCACCGTTCTTCTGAGCCTCACGCAGCATTCCACAACGAAGCAGTCCAGACCGCATTGTTCTGTCAATTCTGGTGTCAGAAGCGTTGACAGTTCAGTCGATCTTCCAATCCTCCAGAGCATCAGTAACATTCCAGCTGGTGTATGTGCTGAGTACCCAGTTATCGATTCTCAACCTGGGGCCCCTGGTTTAAGGGTCTTTA 0 0 3' arm Leymus_cinereus_x_Leymus_triticoides mirnest MIR1122 7e-18 tae-MIR1120 0.00000000002 -54.1 ((((......(((((((((((((((((((((((((((.(((((((.(((((....)))))..))))))).))))))))))))))))))))))))))).)))).... (-54.1)