mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTAGTACTCCCTCCGTCCCG GGACGGAGGGAGTAGTAGTTA AATGTTCCACTAGTACTCCCTCCGTCCCGAATTACTTGTCGCAGAAATGAATAAAAATGGATGTATCTAGAACTAAAATACGTCTAGATACACCCATTTCCGCGACAAGTAATTTCGGACGGAGGGAGTAGTAGTTATCACC GCATTTTTNNTTTTTTTTTTTCAGTCTGAATTAACCATATATAATATGCCCCTCGCAATGTTCCACTAGTACTCCCTCCGTCCCGAATTACTTGTCGCAGAAATGAATAAAAATGGATGTATCTAGAACTAAAATACGTCTAGATACACCCATTTCCGCGACAAGTAATTTCGGACGGAGGGAGTAGTAGTTATCACCCCATCATGTTCTACTCTACAGGATATGTAAAAAGAGGTGTGAAATAGTAACACACAGTATATATTACAGTGCACTGTACGTGCAGCCACCACACCATACCATAGCTAACAGTGGCGGCCAGTACCACACAAGAACAGAAAAGAAAACAACTTCACACTGAAGATTTCCCTTGAAGAGGGCAACTATACCAATTGCGTTGATCATCTGTATGTGCAGAAGCAACCATAGTATCCGTATCTCTGTTCAGTATTTCTGCTTTGAAGAAACCACATATTTCCAGGAGTTTGGTTCCCATAGTTTAGGCCCCGTAAATGCAAACCGATGTCAGGGTCTCTCTATGAAAAATAACTGTCAGAAGTAGTAAAAATAACCTTCACATGTAATGTTGTTGCTGGCTCCTCCGTAACTGCAGCTCAGCTGCGAGCTGAGAGCACTTCCTTTTTGTTTCCTCTAGTTCATGCTCCAGCTCGCCAATCGTCTGCTTCAACTGTGTATCTCGTTGCC 2 0 5' arm Leymus_cinereus_x_Leymus_triticoides mirnest MIR1122 1e-41 tae-MIR1135 6e-25 -67.1 ........((((.((((((((((((((.((((((((((((((.((((((.........((.((((((((((...........)))))))))))))))))).)))))))))))))).)))))))))))))).))))....... (-67.1)