mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCCGTCCCAAAATATAAGAC TCAAATTTTGGGACGGAGGT CGCTAAATTATACTACCTCCGTCCCAAAATATAAGACGTTTTTGCAGTTCAAATTTTGGGACGGAGGTAGTAGTAACAAAT TTGACAAGCAACAAAATAGCATGGAGAGTATGNNAAATGATATTTGATCCAGGCTAGGATCTCCAGATAAGCAGCAAACAGCATGGAGAATATGCCATTGATATTTGATCCAGGCTATAATCTACAGGAGATCTCTCTCTTTTGTCTTCAACATCTTCAGAATCCATCTTGTTGCTTCTTTTCGCAGCCAAGGCTTAAAATTTGCACAATGATGTGGCTAAATCGCTAAATTATACTACCTCCGTCCCAAAATATAAGACGTTTTTGCAGTTCAAATTTTGGGACGGAGGTAGTAGTAACAAATAACATTAGAAGGATATCTTCTAAAGACTTGCCGACAGATGTAATCTTGTATTAACTAATTGCTTGAATTTCTCTTGTTCTCATGTAAGTCATGAACTGCCCCGGTATTTCAGCAAGAAGTGACTGAACTATGGATATCCCGGTGCCATGCACATCTTTCATTGGGGCGAACTGTATCATATCCCTTGATGCAACTCTCCCCGTTGAGCTTTCCAACCTCCCCCCTTTATTTGGATCCAGAAACTGCACAGTGAAAGAATATTGTCGTCTAATTTTATCTACTTTCAGTGATTAGGGTTATGTCAGTAGTNNNTCCTTCTAATTGGTATAGAACTGTTACTTCAGCATTCCACTTTTATGTCTAGAAGGAAATATACAAATGAATTTA 3 1 5' arm Leymus_cinereus_x_Leymus_triticoides mirnest MIR1122 0.00000002 osa-MIR1439 0.0000009 -32.5 ..........((((((((((((((((((((....(((.........)))...))))))))))))))))))))......... (-32.5)