mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTCCGTCCCAAAATAAGTGC ATTTATTTTGGAACGGAGGAA GCTGTACTACTCCTACTGTTCGCTCCGTCCCAAAATAAGTGCAGCCATAGTTTTCCGTGTCTAATTTTGACCATTCGTCTTATTTAATTTTTTTTTTAAAAAAATAAAAACATAAGTCACGAGTAAAGTACTATTCATGTTTTATCATCTTATATCAAGAAAAATGCTAATTATAAAAAATTTCAAATAAGACAGACGATCAAAGTTGGGCGCGGAAACTTATGGCTGCATTTATTTTGGAACGGAGGAAGTATTTGTTTACTCGCAT TGCACGAACGCATGCCTACAATTCTGTGTTCAATTCGCTGCCTTGCTAGTTGTGTCCTTCCTCCTCGTGCGCTAACGATTCCCAGAAAGTCTTGTCTACATTTCCATCCATGTCAAGTTTGGCACACCAAATTATTACTCCTAACTGGCATCGTTTCCGGGGTTAGCTTCGCTAGCTGTACTACTCCTACTGTTCGCTCCGTCCCAAAATAAGTGCAGCCATAGTTTTCCGTGTCTAATTTTGACCATTCGTCTTATTTAATTTTTTTTTTAAAAAAATAAAAACATAAGTCACGAGTAAAGTACTATTCATGTTTTATCATCTTATATCAAGAAAAATGCTAATTATAAAAAATTTCAAATAAGACAGACGATCAAAGTTGGGCGCGGAAACTTATGGCTGCATTTATTTTGGAACGGAGGAAGTATTTGTTTACTCGCATGCCCGCCCCTGCCTAACTGGATTGGTACTGGATTTGACCGATTACTGATTACAATGAGAAACATTGAGTTGCTAGCTAA 2 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 1e-55 osa-MIR812k 4e-43 -85.3 ((.(((..((...((((..((.((((((.(((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((...((.((((((((((((((((((((((......)))))..(((((.((.(((((......))))).)).)))))..((((.....))))..(((....)))..))))))))..))))))))).))...))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))).))))))))))))...)).)))..)).. (-85.3)