mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCACTGCCTCTTCCCTGGCT GCAGGGAACAGACAGAGCATG AGTATAGACAGAGGCAGGGAACAGACAGAGCATGAATGGAACTACTAACACGTTTACCTGTTTCTGCTCTACCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCTCTCACTCT AACAACAACAATGCAGCTTAGACAGAACAGAACAGCCCCAAAATCCAGGATTACAGGGCAAGCAAGAGTTATATTGTAACAAAGGTAAATAGTATAGACAGAGGCAGGGAACAGACAGAGCATGAATGGAACTACTAACACGTTTACCTGTTTCTGCTCTACCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCTCTCACTCTCTTTTTTCCTCTTACAGCTTGAAACATGTTTTAAAACCTTCTTTTTAACTAATATGCTTATCTGCTAACAAGTTTGTAAGATACAGGTTTTTCACTATCTAAGATTATCTACCTCAGAAGAACAGTAATCTGAATTCTGGGTCTATTTTCGCGATGAATTCTGAAGCAACATCAAGAATTCAAACTGTTTATTCTTTTAAGAGTTTTTATATTTCTTTTAAAGAGTGAGCCTACCTATATATCTGTAACAAGGTTTAACTGTAACTGCCAGTAAAGCTGAAGTTGTTATTTCAGACATTGATTCTATATTCAATAAACTAACAACTACCTTTATACTATTTTCAGTTTTCATGTTTTTTACTTATGCTAGGACAGAGATTTGGTTGCTTGCTCATAGTAGAAAGGAATATAAAATAAGAGCAACCAAAGATAATTGAGGGTGTGATTGGATTTCATTCAGAATTATAATAAGAACAATAGTTGTAAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATGT 4 0 3' arm Limnanthes_alba mirnest MIR408 0.000000000000006 ptc-MIR408 4e-16 -30.8 ......((.((((.(((((((.((.(((.(((((..((((......((((........)))).....))))..))))).))).)).))))))).)))).))..... (-30.8)